Risposte:
Se l'App Store non è a conoscenza degli aggiornamenti, non dovrebbe essere in grado di avvisarti, quindi in Preferenze di Sistema vai nel riquadro delle preferenze "App Store" e disattiva l'opzione per cercare automaticamente gli aggiornamenti.
In OSX Mavericks :
Puoi disabilitare temporaneamente le notifiche scorrendo verso il basso nel pannello delle notifiche e impostando "Non disturbare" su Sì. La mia comprensione è che il periodo di tempo in cui ciò è effettivo è determinato dalle impostazioni in Preferenze di Sistema> Notifiche> Non disturbare> Da XXX a XXX.
Questo è spiegato in modo più dettagliato qui e qui .
Alla soluzione permanente è già stata data risposta in questa domanda .