Poiché Mail.app ha avuto problemi di connessione ai vari account, ho provato a "ripristinarlo" rimuovendo tutti gli account e le password archiviate in Keychain Access.app. Quindi ho aggiunto nuovamente tutti gli account di posta.
Tuttavia, per qualche motivo anche tutte le regole configurate sono state eliminate, anche se non sono direttamente collegate a un account di posta specifico.