Risposte:
Se fosse imbevuto nel cucchiaio, non lo rischierei per un cucchiaio di legno economico. Un ammollo in una soluzione di candeggina è il trattamento comune però. Ne comprerei uno nuovo o lo sostituirei con un cucchiaio in silicone ad alta temperatura (nessun problema di muffa inamovibile in futuro!)
rfusca solleva un buon punto - se sei preoccupato che sia effettivamente penetrato in profondità, potresti semplicemente sostituirlo.
Detto questo, userei solo carta vetrata. Spero che sia solo una macchia superficiale e non dovrai toglierti molto, ma sarai in grado di vedere quanto è profondo man mano che procedi!