Algoritmi di ricerca del database della teoria dei grafi metrici


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Sto (lentamente) scrivendo una recensione del Manuale degli algoritmi di chemioinformatica per SIGACT News. Un capitolo discute le attuali implementazioni del software e le ricerche nel database (e altre applicazioni) non sembrano sfruttare il maggior numero possibile di informazioni sui grafici. D'altra parte, forse algoritmi più teorici sarebbero troppo difficili da implementare. Sembra però una potenziale area aperta.

Quindi ecco la mia domanda:

Esiste una panoramica (o una manciata di riferimenti) che discute la teoria e l'implementazione (si spera) di algoritmi di database di grafici con informazioni metriche? (Ogni bordo è una distanza e ogni vertice ha un volume.) Una descrizione senza chimica di un problema di esempio sarebbe: dato un database di grafici, trova tutti quelli che contengono un particolare sottografo.


quanto è importante che il database abbia informazioni metriche? c'è un sacco di lavoro sulla ricerca di database di grafi, anche nel regno bio, ma non conosco il problema dell'etichetta volume / distanza
Suresh Venkat,

Conoscerò la risposta alla tua domanda tra una settimana o due. Le somiglianze e le differenze con i problemi bioinformatici non sono ancora chiare per me.
Aaron Sterling,

Risposte:


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Ciò sembra essere correlato al problema dell'isomorfismo del sottografo che è in generale NP-completo, anche senza pesi. Il corrispondente articolo di Wikipedia afferma che in alcuni casi può essere risolto in modo efficiente.

Se la chemio è qualcosa di simile alla bioinformatica, probabilmente ti interesseranno gli algoritmi di approssimazione per gestire il rumore, comunque. Inoltre, data la ricerca nel database come applicazione, potrebbero esserci idee intelligenti per la preelaborazione che offrono buoni runtime ammortizzati.

Trovato (non letto) quelli:

http://www.springerlink.com/content/4751121q3575v041/

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/23/2/232.full

http://portal.acm.org/citation.cfm?id=1368898

Disclaimer : Ancora una volta, scusate la risposta in stile commento; Non sono ancora autorizzato a commentare.

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