Peter Shor ha mostrato che due dei più importanti problemi NP-intermedi, il factoring e il problema dei log discreti, sono in BQP. Al contrario, l'algoritmo quantistico più noto per SAT (ricerca di Grover) produce solo un miglioramento quadratico rispetto all'algoritmo classico, suggerendo che i problemi NP-completi sono ancora intrattabili su computer quantistici. Come sottolinea Arora e Barak, c'è anche un problema in BQP che non è noto essere in NP, portando alla congettura che le due classi sono incomparabili.
C'è qualche conoscenza / congettura sul perché questi problemi NP-intermedi sono nel BQP, ma perché SAT (per quanto ne sappiamo) non lo è? Altri problemi NP-intermedi seguono questa tendenza? In particolare, isomorfismo grafico in BQP? (questo non funziona bene su Google).