Alcuni problemi nell'area della biologia computazionale sembrano adatti ad applicazioni pratiche che non sono artificiali - o almeno non così artificiali come i problemi menzionati da Jukka Suomela.
Ad esempio, le persone spesso menzionano il lavoro di F. Abu-Khzam, R. Collins, M. Fellows, M. Langston, W. Suters C. Symons, algoritmi di Kernelization per il Vertex Cover Problem: Theory and Experiments , Proceedings of the 6th Workshop su Algorithm Engineering and Experiments (ALENEX), ACM / SIAM, Proc. Matematica applicata 115, 2004.
Come affermano gli autori, "Una delle applicazioni a cui abbiamo applicato i nostri metodi prevede la ricerca di alberi filogenetici basati su informazioni sul dominio delle proteine, ..." (sezione 8 del documento sopra).
Un sottoinsieme degli autori ha articoli simili su questo argomento, vedi, ad esempio, Faisal N. Abu-Khzam, Michael A. Langston, Pushkar Shanbhag e Christopher T. Symons, Algoritmi paralleli scalabili per problemi FPT , Algorithmica, Volume 45, Numero 3 , 269-284.
Non sono sicuro se le istanze utilizzate negli esperimenti fossero istanze del mondo reale o artificiali, ma spero che i due riferimenti ti diano un buon punto di partenza.