L'errore
Tentativo di eliminare tuple contenenti timestamp non validi con
DELETE FROM comments WHERE date > '1 Jan 9999' OR date < '1 Jan 2000' OR date_found > '1 Jan 9999' OR date_found < '1 Jan 2000';finisce in
ERROR: attempted to delete invisible tupleEsiste una mailing list del 2009 che parla dello stesso identico messaggio di errore, in cui OP lo ha risolto, ma non trovo alcuna spiegazione di come lo abbia fatto o di cosa potrebbe aver portato a questo errore.
Sono impotente a causa della mancanza di hit su Google e della mia conoscenza limitata di PostgreSQL.
Cosa ha portato alla corruzione
Ho avuto un server PostgreSQL 9.5.5 ( ~ 4TB di dati, tutte le impostazioni predefinite, tranne i limiti di memoria aumentati ) in esecuzione su Debian 8, quando il kernel del sistema operativo è andato nel panico - probabilmente durante la ricostruzione / dev / md1 dove si trovava lo swap. Prima di ciò, PostgreSQL ha assorbito quasi tutto lo spazio su disco con un file di registro da 400 GB. Il sistema operativo non si è mai riavviato, i controlli del disco erano OK, quindi ho avviato da un LiveCD e ho eseguito il backup di ogni dispositivo a blocchi sulle immagini, per ogni evenienza. Ho ricostruito con successo la directory / da / dev / md2, fsck ha mostrato un filesystem pulito e ho eseguito il backup della cartella PGDATA su un HDD esterno.
Cosa ho fatto per tentare il recupero
Dopo aver formattato i dispositivi md e reinstallato il sistema operativo insieme a un nuovo postgresql-9.5, ho fermato il server PostgreSQL, spostato e aggiunto la cartella PGDATA all'utente postgres e avviato il server: tutto sembrava a posto, non c'erano errori.
Non appena ho iniziato pg_dumpall, è morto con
Error message from server: ERROR: timestamp out of rangeHo naturalmente cercato di eliminare le tuple offensive, solo per finire con lo stesso invisible tupleerrore ancora e ancora.
Cose che ho provato
Prima di tutto, le query DELETE non sono riuscite a causa di pagine danneggiate, quindi ho impostato le seguenti impostazioni:
zero_damaged_pages = on
ignore_system_indexes = on
enable_indexscan = off
enable_bitmapscan = off
enable_indexonlyscan = offOra ho notato che quando eseguo di nuovo le stesse query, il server azzera continuamente le stesse pagine, non sono sicuro del significato:
invalid page in block 92800 of relation base/16385/16443; zeroing out pageHo provato a seguire in un ordine indefinito:
pg_resetxlog -D $PGDATAha fatto il suo lavoro senza errori o messaggi- Eliminati tutti gli indici inclusi i vincoli pkey
CREATE TABLE aaa AS (SELECT * FROM comments);porta aSegmentation faultonheap_deform_tuple (tuple=tuple@entry=0x7f0d1be29b08, tupleDesc=tupleDesc@entry=0x7f0d1a35abe0, values=values@entry=0x7ffd57a5beb0, isnull=isnull@entry=0x7ffd57a65af0 "\001\001")È riproducibile e lascia un core dump di ~ 9GB.SELECT COUNT(*) from comments;permessoVACUUM comments;di completare, lo stesso trucco non funziona su altri tavoli.SELECT COUNT(*) from photos;eVACUUM photos;ora muore conERROR: MultiXactId 302740528 has not been created yet -- apparent wraparound- questo tormenta ogni tavolo, dove altri errori non compaiono più.
Pensieri
DB stava venendo martellato da molte ( forse duplicate ) scritture con laDB stava facendoON CONFLICTclausola cheVACUUMquando si è verificato il panico del kernel, credo che sia ciò che ne è rimasto a causare probleminonexistent MultiXactIdseinvisible tuple- I dati sono stati raccolti con il crawler per un arco di oltre 2 anni e sono del tutto a posto con la perdita di alcuni di essi
- Ora eseguo backup
- Non ci sono stati vincoli relazionali tra le tabelle né trigger
Ecco l'output di pg_controldata a partire da ora:
pg_control version number: 942
Catalog version number: 201510051
Database system identifier: 6330224129664261958
Database cluster state: in production
pg_control last modified: Thu 08 Dec 2016 01:06:22 AM EET
Latest checkpoint location: 1562/8F9F8A8
Prior checkpoint location: 1562/8F7F460
Latest checkpoint's REDO location: 1562/8F9F8A8
Latest checkpoint's REDO WAL file: 000000010000156200000008
Latest checkpoint's TimeLineID: 1
Latest checkpoint's PrevTimeLineID: 1
Latest checkpoint's full_page_writes: on
Latest checkpoint's NextXID: 0/40781255
Latest checkpoint's NextOID: 67798231
Latest checkpoint's NextMultiXactId: 1
Latest checkpoint's NextMultiOffset: 0
Latest checkpoint's oldestXID: 615
Latest checkpoint's oldestXID's DB: 1
Latest checkpoint's oldestActiveXID: 0
Latest checkpoint's oldestMultiXid: 1
Latest checkpoint's oldestMulti's DB: 1
Latest checkpoint's oldestCommitTsXid:0
Latest checkpoint's newestCommitTsXid:0
Time of latest checkpoint: Thu 08 Dec 2016 01:06:22 AM EET
Fake LSN counter for unlogged rels: 0/1
Minimum recovery ending location: 0/0
Min recovery ending loc's timeline: 0
Backup start location: 0/0
Backup end location: 0/0
End-of-backup record required: no
wal_level setting: minimal
wal_log_hints setting: off
max_connections setting: 100
max_worker_processes setting: 8
max_prepared_xacts setting: 0
max_locks_per_xact setting: 64
track_commit_timestamp setting: off
Maximum data alignment: 8
Database block size: 8192
Blocks per segment of large relation: 131072
WAL block size: 8192
Bytes per WAL segment: 16777216
Maximum length of identifiers: 64
Maximum columns in an index: 32
Maximum size of a TOAST chunk: 1996
Size of a large-object chunk: 2048
Date/time type storage: 64-bit integers
Float4 argument passing: by value
Float8 argument passing: by value
Data page checksum version: 0aggiornamenti
- ( 9 dicembre 2016 ) Durante la lettura di MultiXactIds inesistenti , ho ricordato che il mio database non era sotto carico operativo al momento del crash, ma stava elaborando una
VACUUMrichiesta manuale . Ho portato offline i server web e i crawler dopo aver realizzato che sui dischi era rimasto solo il 3% di spazio. Avrei dovuto/var/logcercare file di grandi dimensioni, ma ho erroneamente incolpato PostgreSQL e provatoVACUUM FULL, solo per trovarlo interrotto a causa del poco spazio lasciato sul dispositivo. Quindi ho iniziato il normale VUOTO e l'ho lasciato a quello. - ( 14 dicembre 2016 ) Scaricato un ramo 9.5 di fonti PostgreSQL da Github, commentato blocchi in heapam.c e multixact.c e compilato con la speranza che non generasse questi errori. Ma il server non si avviava, perché doveva essere configurato con gli stessi flag utilizzati in uno che avevo da APT. C'erano circa 47 bandiere, ognuna delle quali richiedeva una dipendenza con un nome non ovvio, quindi ho rinunciato a quell'idea.
( 16 dicembre 2016 ) Ho trovato un modo per sbarazzarmi di tuple con timestamp non validi annullando le pagine pertinenti. Ho prima impostato le seguenti opzioni in
psql:\set FETCH_COUNT 1 \pset pager offAllora lo faccio
SELECT ctid, * FROM comments;. In questo modo sputa fuorictiduna brutta tupla prima che la query muoia. Procedo quindi a riempire quella pagina con zeri:dd if=/dev/zero of=/var/lib/postgresql/9.5/main/base/16385/16443 bs=8K seek=92803 count=1 conv=notruncma ogni pagina, azzerata in questo modo, rompe la pagina precedente, risultando in una pagina16442ora con una tupla con timestamp non valido. Non sono sicuro di cosa sto facendo di sbagliato qui.( 16 dicembre 2016 ) Tentativo
pg_dump -Fc --table photos vw > photos.bakdi errore di segmentazione dopo 1,3 GB ( su probabilmente 800 GB ) scritto. Ecco il registro del server:2016-12-16 18:48:05 EET [19337-2] LOG: server process (PID 29088) was terminated by signal 11: Segmentation fault 2016-12-16 18:48:05 EET [19337-3] DETAIL: Failed process was running: COPY public.photos (id, owner_id, width, height, text, date, link, thumb, album_id, time_found, user_id, lat, long) TO stdout; 2016-12-16 18:48:05 EET [19337-4] LOG: terminating any other active server processes 2016-12-16 18:48:05 EET [19342-2] WARNING: terminating connection because of crash of another server process 2016-12-16 18:48:05 EET [19342-3] DETAIL: The postmaster has commanded this server process to roll back the current transaction and exit, because another server process exited abnormally and possibly corrupted shared memory. 2016-12-16 18:48:05 EET [19342-4] HINT: In a moment you should be able to reconnect to the database and repeat your command. 2016-12-16 18:48:05 EET [19337-5] LOG: all server processes terminated; reinitializing 2016-12-16 18:48:06 EET [29135-1] LOG: database system was interrupted; last known up at 2016-12-14 22:58:59 EET 2016-12-16 18:48:07 EET [29135-2] LOG: database system was not properly shut down; automatic recovery in progress 2016-12-16 18:48:07 EET [29135-3] LOG: invalid record length at 1562/A302F878 2016-12-16 18:48:07 EET [29135-4] LOG: redo is not required 2016-12-16 18:48:07 EET [29135-5] LOG: MultiXact member wraparound protections are now enabled 2016-12-16 18:48:07 EET [19337-6] LOG: database system is ready to accept connections 2016-12-16 18:48:07 EET [29139-1] LOG: autovacuum launcher startedEcco una breve stack stack:
#0 pglz_decompress (source=source@entry=0x7fbfb6b99b13 "32;00/0ag4d/Jnz\027QI\003Jh3A.jpg", slen=<optimized out>, dest=dest@entry=0x7fbf74a0b044 "", rawsize=926905132) #1 0x00007fc1bf120c12 in toast_decompress_datum (attr=0x7fbfb6b99b0b) #2 0x00007fc1bf423c83 in text_to_cstring (t=0x7fbfb6b99b0b)Non ho idea di come aggirare questo.
( 29 dicembre 2016 ) Ho scritto un'utilità che lo fa
SELECT * FROM tablename LIMIT 10000 OFFSET 0, incrementando l'offset e restringendolo intorno alle tuple morte, e ha duplicato con successo i dati sul mio computer locale tranne le tuple ( spero le uniche ) che ho corrotto manualmente. Dovrebbe inoltre attendere il riavvio del server. Tuttavia non avevo abbastanza spazio sul mio RAID e ho creato un tablespaceslowdisksu un HDD da 8 TB. Quando provo aCREATE DATABASE vwslow WITH TABLESPACE slowdiskfarlo, non lo farà con errori:2016-12-29 02:34:13 EET [29983-1] LOG: request to flush past end of generated WAL; request 950412DE/114D59, currpos 1562/A3030C70 2016-12-29 02:34:13 EET [29983-2] CONTEXT: writing block 58368001 of relation base/16385/16473 2016-12-29 02:34:13 EET [29983-3] ERROR: xlog flush request 950412DE/114D59 is not satisfied --- flushed only to 1562/A3030C70 2016-12-29 02:34:13 EET [29983-4] CONTEXT: writing block 58368001 of relation base/16385/16473 2016-12-29 02:34:13 EET [30005-44212] postgres@vw ERROR: checkpoint request failed 2016-12-29 02:34:13 EET [30005-44213] postgres@vw HINT: Consult recent messages in the server log for details. 2016-12-29 02:34:13 EET [30005-44214] postgres@vw STATEMENT: CREATE DATABASE vwslow WITH TABLESPACE slowdisk;Il manuale ha
CHECKPOINTprodotto gli stessi errori.Un riavvio del server ha fatto scomparire l'errore del checkpoint e mi ha permesso di eseguire il mio strumento. Risponderà alla mia domanda e pubblicherà il codice se funziona.