La documentazione di MySQL per kill avvisa :
avvertimento
Se si annulla un'operazione
REPAIR TABLEoOPTIMIZE TABLEsu unaMyISAMtabella, la tabella risulta danneggiata e inutilizzabile. Qualsiasi lettura o scrittura su una tabella di questo tipo non riesce fino a quando non viene ottimizzata o riparata di nuovo (senza interruzione).
Questo è per MyISAM.
Non è inoltre sicuro interrompere un OPTIMIZE TABLEprocesso in esecuzione su una tabella InnoDB?