Su Windows 2008 R2 che esegue SQL Server 2008 R2 quanto è importante la dimensione dell'unità di allocazione NTFS sulle prestazioni IO DISK. Mi sembra che l'amministratore del server che ha creato i pochi server per un'app mission-critical abbia lasciato la dimensione dell'unità di allocazione NTFS (dimensione del cluster) su 4 KB predefiniti anziché 64 KB. Il server SQL è già installato.
Vale la pena provare a disinstallare SQL, formattare l'unità con una dimensione del cluster di 64 KB e reinstallare il server SQL?