L'ho provato con le seguenti impostazioni:
(add-hook 'minibuffer-setup-hook
(lambda ()
(make-local-variable 'face-remapping-alist)
(add-to-list 'face-remapping-alist '(default (:background "green")))))
(set-face-background 'minibuffer-prompt "blue")
ma hanno interessato solo il minibuffer attivo: