c'è una struttura che le persone usano per esportare testo semplice in emacs orgmode come parte del loro flusso di lavoro di ricerca per organizzare i loro collegamenti e annotazioni? Ho sentito che zotxt è utile, qualcuno ha opinioni su di esso o su qualcosa di meglio?

Non esiste un singolo strumento, ma ci sono numerosi pacchetti che potrebbero essere utili se usi Zotero ed Emacs uno accanto all'altro. Esistono vari tutorial online che discutono sull'impostazione di combinazioni di questi secondo i gusti del singolo autore.

Invece di ripeterli, cercherò di dare una panoramica, poiché dalla tua domanda non è del tutto chiaro cosa ti piacerebbe fare.

"Flusso di lavoro di ricerca"

Considerare innanzitutto che il "flusso di lavoro di ricerca", per quanto riguarda la letteratura di ricerca, prevede vari passaggi, come:

1. Aggiunta di elementi bibliografici (articoli, libri, qualunque cosa)
2. Modifica dei dati bibliografici degli articoli
3. Taggare, raggruppare e collegare elementi
4. Gestione dei file (ad es. PDF) associati agli articoli
5. Creazione di note sugli articoli
6. Ricerca di dati e note bibliografici
7. Inserimento di citazioni nei documenti durante la scrittura (i propri documenti)
8. Risolvere citazioni in riferimenti in linea, note a piè di pagina e bibliografie per la pubblicazione

In Zotero "standard", Zotero fa da 1 a 6 e il plug-in di word processor Zotero fa 7 e 8.

Suggerirei prima di pensare a cosa vuoi che faccia Emacs e cosa ti piace di Zotero. Puoi gestire bibliografie e scrivere articoli scientifici interamente all'interno di Emacs; molte persone lo fanno. Invece del database di Zotero, le informazioni bibliografiche sono archiviate in un file Bib (La) Tex ( .bib) e le citazioni aggiunte ai file LaTeX, org o markdown.

Ma a mio avviso Zotero ha particolari punti di forza a 1-4 (aggiunta e gestione dei dati) e a 6 (ha uno strumento di ricerca molto veloce e potente). Annotare (5) è relativamente debole, perché il semplice editor di testo è scomodo se sei abituato a Emacs. E se scrivi i tuoi articoli su Emacs hai bisogno di qualcosa che faccia i compiti 7 e 8.

Alcuni pacchetti

Trasmissione dei dati in emacs

Se stai usando Emacs parallelamente a Zotero, Emacs ha bisogno di un modo per vedere cosa hai nel tuo database. Il modo migliore per farlo è esportare un .bibfile, per il quale il formato Emacs ha un ampio supporto, da Zotero.

Questo può essere fatto manualmente, ma pacchetti come zoteloo fork emacs-zotero-bib-fetchti permetteranno di mantenere rapidamente il .bibfile aggiornato all'interno di Emacs. zotelorichiede Mozrepl, che al momento non è supportato da Firefox Quantum, quindi consiglio di utilizzare emacs-zotero-bib-fetch.

Visualizzazione dei dati all'interno di emacs

Una volta che hai un .bibfile, il pacchetto integrato reftex, così come org-refe helm-bibtexti permetterà di cercare i tuoi dati bibliografici. Uno o entrambi questi ultimi pacchetti saranno probabilmente molto utili; svolgono una serie di compiti dall'elenco sopra, comprese le strutture per prendere appunti.

PDF e annotarli

helm-bibtexè particolarmente intelligente nel trovare PDF collegati ad elementi bibliografici, che puoi quindi aprire in Emacs. pdf-toolsè un eccellente visualizzatore di PDF alternativo all'interno di Emacs. Ti permette di visualizzare e creare annotazioni all'interno del file PDF. Se ti piace usare i file PDF in questo modo, l' zotfileestensione per Zotero può estrarre automaticamente le annotazioni in una nota Zotero.

Nota file

helm-bibtexe i org-refpacchetti dispongono entrambi di funzionalità per aggiungere note agli articoli bibliografici. Questi sono memorizzati come file organizzativi.

Una volta che ho finito le mie note su un oggetto che faccio C-c C-e h oper esportare una versione HTML e copiarlo e incollarlo nuovamente in Zotero come una nota in modo che sia ricercabile. Non ho trovato un modo più semplice per farlo.

Inserimento e risoluzione di citazioni durante la scrittura

Ciò dipende in parte dal formato che scrivi (org, reftex, markdown) e in parte dal formato che desideri alla fine (PDF, HTML).

Ancora una volta, sia helm-bibtexe org-refanche reftexconsentire l'inserimento di citazioni nei documenti che stai scrivendo di uno di questi tipi.

Supponendo che tu stia scrivendo in org, esiste (non ancora) una sintassi di citazione standard, ma org-ref ne fornisce una. Altre persone usano semplicemente i comandi di citazione LaTeX direttamente in org.

Se il target di output primario è il PDF, l' org-modeesportazione (tramite LaTeX) è probabilmente il percorso più semplice.

Lei menziona zotxt; Non l'ho usato, ma sembra essere uno strumento per risolvere e formattare citazioni in file di testo semplice, incluso il supporto per pandoc. Pandoc Markdown fa avere un formato citazione standard e il supporto per la risoluzione e la formattazione bibliografie (con CSL). Pandoc può essere preferibile se si desidera esportare principalmente in più formati (ad esempio HTML, markdown).

Generalmente utilizzo la modalità org di emacs per l'organizzazione di progetti, attività e idee, ma Zotero è utile per archiviare risorse come PDF / siti Web, ecc. Durante la ricerca di qualcosa. Per combinare i due, è bello essere in grado di collegarsi dalla modalità org alla posizione all'interno di Zotero in cui si trova una risorsa.

Questo post sul blog descrive un modo per ottenere URL Zotero che funziona abbastanza bene:

1. Salvare il file Zotero Selezionare il file Item.js nella translatorscartella all'interno della directory dei dati di Zotero .
2. Riavvia Zotero
3. Apri la voce di menu Modifica -> Preferenze e seleziona la scheda Esporta .
4. Imposta il formato predefinito su Zotero Seleziona elemento (vicino alla fine dell'elenco) e fai clic sul pulsante OK.

Ora, ogni volta che visualizzi un elemento in Zotero, se premi Ctrl+Alt+C(o Cmd+Shift+Csu un Mac), un URL verrà copiato negli appunti. Questo URL si riferisce a un oggetto all'interno di Zotero e aprirà Zotero per visualizzare l'elemento. L'URL può essere incollato in un file in modalità org (o qualsiasi altro tipo di documento).