Risposte:
Basta digitare latexanziché pdflatexal C-c C-cprompt. TeX-PDF-modeimposta automaticamente il motore TeX su pdflatex. Il comando che stai inserendo al prompt è solo rappresentativo di ciò che vuoi fare con emacs, ovvero compilare latex, visualizzare il file pdf con viewe così via. I comandi effettivi che il prompt può accettare sono indicati nella variabile TeX-command-list.
Lo stesso vale per qualsiasi altro motore, diciamo xetex. Si imposta TeX-enginesu xetex e si chiama latexal C-c C-cprompt.