Limitare la memoria utilizzata dal pacchetto raster in R?

Qual è il modo più semplice per limitare la memoria rasterutilizzata dal pacchetto Ra 5 GB di RAM?

Idealmente, voglio che qualsiasi raster che superi questa dimensione venga scritto sul disco rigido e analizzato da un file temporaneo.

Sto usando Windows 7 (64 bit) e R versione 3.0.3.

Ecco un po 'di codice con cui sto giocando su una macchina con 16 GB di RAM, ma continua a massimizzare mentre ho a che fare con raster di grandi dimensioni:

require(raster)

memory.limit(size = 5000)
rasterOptions(format="GTiff",overwrite=TRUE,datatype="INT1S",
              tmpdir="C:/Research/BIN",tmptime=1.1,progress="text",chunksize=1000,
              maxmemory=1000)
rasterTmpFile("delete_me_")

r <- raster("myraster.tif")
r[r==0] <- NA

È a questo punto dello script che l'utilizzo della RAM aumenta per prendere tutti i 16 GB, quindi smette di funzionare e annulla la funzione.

Cosa devo cambiare qui?

Devi leggere i raster in pezzi invece che tutti in una volta. Consultare la documentazione per il pacchetto raster , in particolare - Scrittura di funzioni per file raster di grandi dimensioni .