R fortificare causando lo strappo dei poligoni

Sto riscontrando problemi nel tracciare i miei dati spaziali usando ggplot2. La mappa ha un bell'aspetto quando viene tracciata usando spplot, quindi presumo che lo strappo avvenga nella fase fortificata.

Il codice è il seguente:

#install the packages
library(rgdal)
library(mapproj)
library(raster)
library(rgeos)
library(ggplot2)
library(plyr)

if (!require(gpclib)) install.packages("gpclib", type="source")
gpclibPermit()

setwd("C:/Users/My Documents")

#read in laa to regional mapping
#must aggregate to higher level regions as data is provided at this higher level
laa_region_mapping <- read.csv("laa_region.csv", header = TRUE)

#read in LAA polygons
laa_polygons <- readOGR("ctyua_ew_generalised_WGS84.json", "OGRGeoJSON")

#merge by laa to add region column to polygon data
laa_polygons_with_region_data <- merge(laa_polygons, laa_region_mapping,
                                by.x = "CTYUA13NM", by.y = "LAA",
                                all.x = TRUE, all.y = TRUE)

# aggregate laa polygons by the 21 regions (aggregate by regoin_code)
region_polygons <- raster::aggregate(laa_polygons_with_region_data, "region_code")

L'aggregato ha funzionato, come si può vedere dallo spplot (nota: ho trovato come aggregare le regioni da questo post SE: Unisci poligoni spaziali per codice in R )

#plot the resulting polygons using spplot
spplot(region_polygons)

Ma quando rafforzo i dati spaziali in modo da poter usare ggplot, c'è uno strappo attorno ai bordi.

#fortify and merge to create the data frame ggplot will show on the map
region_polygons@data$id <- rownames(region_polygons@data)
region_polygons.points <- fortify(region_polygons, region = "id")

# plot the fortified df using ggplot
ggplot(data = region_polygons.points, aes(x= long, y = lat, group = id, fill=id)) + geom_polygon()

Come posso fermare questa lacrima?

Ho esaminato risposte simili su SE, ma le risposte suggeriscono che la lacerazione si verifica durante un'unione ( Qual è la causa della "lacerazione" dei poligoni (artefatti) usando R, ggplot e geom_polygon? ). Penso che la mia lacrima si verifichi nella fase fortificata poiché lo spplot prima della fortificazione sembra a posto.

r ggplot2 rgeos

— annievic
fonte

devi prima generalizzare il tuo set di dati per eliminare il problema (il tuo programma non è in grado di gestire così tanti vertici)

— Mapperz

Dovresti usare group=groupnella aesmappatura. Ecco un esempio riproducibile del tuo problema:

library("ggplot2")
library("raster")

x <- getData('GADM', country='GBR', level=2)
y <- fortify(x, region="NAME_2")
head(y)
#     long   lat order  hole piece      group       id
# 1 -2.049 57.23     1 FALSE     1 Aberdeen.1 Aberdeen
# 2 -2.049 57.23     2 FALSE     1 Aberdeen.1 Aberdeen
# 3 -2.049 57.23     3 FALSE     1 Aberdeen.1 Aberdeen
# 4 -2.050 57.23     4 FALSE     1 Aberdeen.1 Aberdeen
# 5 -2.050 57.23     5 FALSE     1 Aberdeen.1 Aberdeen
# 6 -2.050 57.23     6 FALSE     1 Aberdeen.1 Aberdeen


# wrong group aesthetic
ggplot(data=y, aes(y=lat, x=long, group=id, fill=id)) +
  geom_polygon() + 
  guides(fill=FALSE)

# fixed plot
ggplot(data=y, aes(y=lat, x=long, group=group, fill=id)) +
  geom_polygon() +
  guides(fill=FALSE)

— rcs
fonte

Grazie @rcs questo è esattamente il problema. Ora è riparato.

— annievic

Breve spiegazione: in un set di dati di poligoni spaziali fortificati, idè l'id della funzione ed groupè l'id dei singoli anelli (isole, buchi ecc.). Quindi, se disegni con idil gruppo, disegna tutti i bit della tua caratteristica come un anello, quindi la "lacerazione" mentre salta tra le isole.

— Spacedman,

Per i posteri, lascerò qui un altro suggerimento poiché lo vedo spesso ... Un motivo comune per lo strappo dei poligoni è dato dai dati non ordinati. Se specificare l' groupestetica corretta non lo risolve (che non si applica a questo esempio specifico), y <- y[order(y$order),]probabilmente ci proverà. La ordercolonna viene creata dalla fortifyfunzione proprio per questo motivo.

— dmp,