Leggere una tabella da un geodatabase di file ESRI (.gdb) utilizzando R

Sto cercando di leggere una tabella direttamente da un geodatabase di file ESRI in R. Un file di dati di esempio può essere scaricato qui . Il database contiene una classe di caratteristiche punto (Zone9_2014_01_Broadcast) e due tabelle collegate (Zone9_2014_01_Vessel e Zone9_2014_01_Voyage). Puoi leggere lo shapefile in R usando readOGRdal rgeospacchetto:

library(rgeos)
library(downloader)

download("https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip", dest="Zone9_2014_01.zip", mode="wb")
unzip("Zone9_2014_01.zip", exdir = ".")

#  Not Run (loads large point file)
#  broadcast <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Broadcast")

Le due tabelle collegate mostrano anche quando si utilizza ogrListLayerso ogrInfo. Tuttavia, ogrInfodà un avvertimento:

Messaggio di avviso: in ogrInfo ("Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel"): ogrInfo: tutte le funzioni NULL

E se si tenta di utilizzare readOGRsui tavoli si ottiene un errore:

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

Errore in readOGR (dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel"): nessuna funzione trovata Inoltre: Messaggio di avviso: In ogrInfo (dsn = dsn, layer = layer, codifica = codifica, use_iconv = use_iconv,: ogrInfo: tutte le funzioni NULL

Pertanto, sembra che solo readOGR possa leggere solo le caratteristiche geografiche. Esiste un modo per importare le tabelle direttamente in R o è l'unica soluzione per esportarle da ArcGIS come file * .dbf (o * .txt) come in questa risposta?

Inoltre, se qualcuno può fornire chiamate da R a uno script Python che automatizza l'esportazione di file * csv (preferibilmente) o * .dbf, sarebbe una soluzione accettabile. La soluzione deve solo essere scalabile e automatizzata.

Sono un po 'in ritardo alla festa, ma questo può ora essere letti da sf, con

vessel <- sf::st_read(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

Restituisce un avviso (non sono presenti geometrie di feature) ma anche un data.frame con la tabella. Vedi la discussione iniziata qui: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2018-February/026344.html

Uso GDAL 2.0.2 che viene "spedito" con supporto FDGB e senza terze parti un driver FGDB per indagare su quel materiale. L'ambiente di test è Debian Jessie a 64 bit.

In breve, sembra che il "layer" Zone9_2014_01_Vesselcontenga dati di attributo puri e il layer Zone9_2014_01_Broadcastcontenga dati di posizione. È possibile utilizzare una soluzione alternativa all'interno di R tramite una chiamata di sistema e la conversazione del GDB con un contenitore shapefile (ultimo script alla fine della risposta).

Ecco i passaggi dell'indagine:

$ mkdir ~/dev.d/gis-se.d/gdb 
$ cd ~/dev.d/gis-se.d/gdb
$ wget https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip
$ unzip Zone9_2014_01.zip
$ ogrinfo Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel | head -20
Had to open data source read-only.
INFO: Open of `Zone9_2014_01.gdb'
      using driver `OpenFileGDB' successful.

Layer name: Zone9_2014_01_Vessel
Geometry: None <---------------------------- HERE 
Feature Count: 1282
Layer SRS WKT:
(unknown)
FID Column = OID
MMSI: Integer (0.0)
IMO: Integer (0.0)
CallSign: String (255.0)
Name: String (255.0)
VesselType: Integer (0.0)
Length: Integer (0.0)
Width: Integer (0.0)
DimensionComponents: String (255.0)
OGRFeature(Zone9_2014_01_Vessel):1
  MMSI (Integer) = 367603345

Come vedi il campo Geometryè impostato su None. Puoi convertire i dati in un file di forma usando ogr2ogre ottenere anche solo un file di attributi dbase:

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel
$ ls test

Zone9_2014_01_Vessel.dbf

Geometrie (posizioni) possono essere trovate nel livello Zone9_2014_01_Broadcast.

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb
$ ls test

Zone9_2014_01_Broadcast.dbf  
Zone9_2014_01_Broadcast.shp  
Zone9_2014_01_Broadcast.prj  
Zone9_2014_01_Broadcast.shx  
Zone9_2014_01_Vessel.dbf
Zone9_2014_01_Voyage.dbf

Nave e viaggio che non contengono dati di posizione secondo il protocollo dei messaggi AIS .

Qui la soluzione completa in R che utilizza una chiamata di sistema per GDB per modellare la conversazione e il pacchetto foreignper leggere i dbf:

# Load module to get readOGR
require('rgdal');

# Load module to get read.dbf
require('foreign');

# goto the directory with the GDB stuff
setwd('~/dev.d/gis-se.d/gdb')

# Conversation to a shapefile container 
system("ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb") 

# read the vessels
vessel <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Vessel.dbf');

# read hte voyage data
voyage <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Voyage.dbf');

# read the geometries in broad cast
broadcast <- readOGR('test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp','Zone9_2014_01_Broadcast')

OGR data source with driver: ESRI Shapefile
Source: "test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp", layer: "Zone9_2014_01_Broadcast"
with 1639274 features
It has 10 fields

# is vessel OK?    
head(vessel)

MMSI IMO CallSign Name VesselType Length Width   DimensionC
1 367603345  NA     <NA> <NA>         50     20     6     7,13,3,3
2 563000574  NA     <NA> <NA>         70    276    40 188,88,20,20
3 367449580  NA     <NA> <NA>         31     28    10     9,19,5,5
4 367302503  NA     <NA> <NA>         31     20     8     8,12,4,4
5 304003909  NA     <NA> <NA>         71    222    32 174,48,21,11
6 210080027  NA     <NA> <NA>         71    294    32 222,72,22,10

# is voyage OK?
head(voyage)

VoyageID           Destinatio Cargo Draught        ETA  StartTime    EndTime      MMSI
1       12                 KAKE    50      20       <NA> 2014-01-01       <NA> 367603345
2       23             YOKOHAMA    70     125 2014-01-11 2014-01-01 2014-01-30 563000574
3       38         KETCHIKAN AK    31      40 2014-11-12 2014-01-01       <NA> 367449580
4       52 CLARENCE STRAIT LOGS    31      30 2014-09-12 2014-01-01       <NA> 367302503
5       62               JP TYO    71      90 2014-01-13 2014-01-01 2014-01-31 304003909
6       47           VOSTOCHNYY    71     106 2014-01-13 2014-01-01       <NA> 210080027

Non sono sicuro se puoi farlo con readOGR ma prova

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel", dropNULLGeometries = FALSE)

Se il problema ogr2ogrpersiste, provare direttamente, che può esportare non geometrie nella tabella. (Forse prova il pacchetto R gdalUtilsper eseguirlo, una volta che hai finito il processo.)

Esiste un'integrazione recentemente rilasciata tra R e ArcGIS di Esri, chiamata R ArcGIS Tools . Fornisce l'integrazione tra R e ArcGIS consentendo di accedere in modo intercambiabile agli strumenti R e alle risorse ArcGIS. Dovresti essere in grado di accedere alle classi / tabelle delle caratteristiche del geodatabase con questa integrazione.

Strumenti R campione sono disponibili qui e gli strumenti di esempio che illustrano l'utilizzo R in geoprocessing script sono qui .

Questa funzione personalizzata segue sostanzialmente il percorso indicato da @huckfinn ma utilizza la gdalUtilslibreria suggerita da @mdsumner.

read_GDB_Layer <- function(dsn, layerName, overwrite = T) {
   conversionDir <- tempdir()

   gdalUtils::ogr2ogr(src_datasource_name = dsn, 
                      dst_datasource_name = conversionDir, 
                      f = "ESRI Shapefile", layer = layerName, 
                      verbose = T, overwrite = overwrite)

   df <- foreign::read.dbf(file.path(conversionDir, paste0(layerName, ".dbf")))

   return(df)
}

Eseguilo in questo modo:

vsl <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Vessel")
vyg <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Voyage")

Se non hai già gdalinstallato, dovrai installarlo per fornire l'accesso a gdalUtils. Puoi trovare i binari e le istruzioni per l'installazione di 'gdal' qui .