Un geodatabase non offre molta flessibilità nell'organizzazione gerarchica dei dati. Tutti i set di funzionalità vivono al livello superiore del database o al livello inferiore nei set di dati delle funzionalità. Un set di dati di funzionalità non può a sua volta contenere un altro set di dati. Sono interessato a sapere come gli altri organizzano i propri dati, in particolare in ambienti in cui devono utilizzare un geodatabase e sono bloccati da queste limitazioni.