Ottenere il valore in pixel di GDAL raster sotto il punto OGR senza NumPy?

Sto lavorando a un modello computazionale dell'abbondanza di impollinatori selvatici in un paesaggio. Il modello stesso è completo e ora sto lottando con una fase di post-elaborazione.

Ho il mio raster di fornitura impollinatore GDAL che assomiglia a questo (i colori più chiari significano una maggiore visita dell'impollinatore in un pixel):

E ho un file di forma OGR di punti che rappresentano posizioni campione sul paesaggio:

Sto cercando di eseguire alcune analisi sui pixel sotto questi punti, ma per farlo, devo essere in grado di estrarre il valore di un pixel sotto un punto.

È possibile estrarre il valore di un pixel sotto un punto usando solo OGR e GDAL tramite Python? Preferirei evitare di leggere l'intero raster in memoria ReadAsArray(), poiché i miei raster di output sono molto, molto grandi (troppo grandi per adattarsi alla memoria).

Ho notato questo post , che è simile, ma richiede una chiamata da riga di comando.

È possibile utilizzare il metodo gdal.Dataset o gdal.Band ReadRaster. Consulta le esercitazioni sull'API GDAL e OGR e l'esempio di seguito. ReadRaster non utilizza / richiede intorpidimento, il valore restituito è dato binario non elaborato e deve essere decompresso utilizzando il modulo strutt python standard .

Un esempio:

from osgeo import gdal,ogr
import struct

src_filename = '/tmp/test.tif'
shp_filename = '/tmp/test.shp'

src_ds=gdal.Open(src_filename) 
gt=src_ds.GetGeoTransform()
rb=src_ds.GetRasterBand(1)

ds=ogr.Open(shp_filename)
lyr=ds.GetLayer()
for feat in lyr:
    geom = feat.GetGeometryRef()
    mx,my=geom.GetX(), geom.GetY()  #coord in map units

    #Convert from map to pixel coordinates.
    #Only works for geotransforms with no rotation.
    px = int((mx - gt[0]) / gt[1]) #x pixel
    py = int((my - gt[3]) / gt[5]) #y pixel

    structval=rb.ReadRaster(px,py,1,1,buf_type=gdal.GDT_UInt16) #Assumes 16 bit int aka 'short'
    intval = struct.unpack('h' , structval) #use the 'short' format code (2 bytes) not int (4 bytes)

    print intval[0] #intval is a tuple, length=1 as we only asked for 1 pixel value

In alternativa, poiché il motivo fornito per non utilizzare numpyera evitare di leggere l'intero array durante l'utilizzo ReadAsArray(), di seguito è riportato un esempio che utilizza numpye non legge l'intero raster in.

from osgeo import gdal,ogr
import struct

src_filename = '/tmp/test.tif'
shp_filename = '/tmp/test.shp'

src_ds=gdal.Open(src_filename) 
gt=src_ds.GetGeoTransform()
rb=src_ds.GetRasterBand(1)

ds=ogr.Open(shp_filename)
lyr=ds.GetLayer()
for feat in lyr:
    geom = feat.GetGeometryRef()
    mx,my=geom.GetX(), geom.GetY()  #coord in map units

    #Convert from map to pixel coordinates.
    #Only works for geotransforms with no rotation.
    px = int((mx - gt[0]) / gt[1]) #x pixel
    py = int((my - gt[3]) / gt[5]) #y pixel

    intval=rb.ReadAsArray(px,py,1,1)
    print intval[0] #intval is a numpy array, length=1 as we only asked for 1 pixel value