Coropleth in R: interruzioni personalizzate e trama

Ho una domanda per quanto riguarda la stampa di una mappa coropletica. Cosa è raccomandato per quanto riguarda la stampa di una mappa con interruzioni personalizzate? E farlo sembrare un po 'attraente.

Nel mio script ho usato il comando plot e spplot per visualizzare alcuni dati, ma non sono completamente soddisfatto del risultato. È facile capire perché. Usando spplot ottengo una scala di colori che ripete i colori per valori diversi, il che è un po 'strano. Usando la trama con le interruzioni personalizzate non sono stato in grado di fare intervalli migliori per i valori, in modo che ad esempio i valori zero siano bianchi sulla mappa. Le proporzioni distorte tra leggenda e mappa sono probabilmente il risultato di Rstudio.

Quindi mi chiedevo se qualcuno avesse suggerimenti migliori per tracciare mappe coropletiche in R usando interruzioni personalizzate?

MODIFICA 20-02-2013

Come suggerito, ho usato ggplot2 per creare una mappa coropletica. Ho usato il codice qui sotto. Ho riscontrato due problemi. Uno è che dopo aver fortificato i dati non tutti i dati dallo shapefile vengono trasferiti al frame di dati. Quindi devo rinominare la variabile "id" in modo da poter unire i dati. Problema minore.

Un problema maggiore è che nonostante i dati nel frame di dati siano corretti, ggplot mostra una mappa in cui i dati non sono corretti. Il valore del colore secondo la legenda non corrisponde al valore della variabile nei dati. Sto trascurando qualcosa qui?

# Plotting polygon shapefiles (try-out)
# Load the packages
require(rgdal)
require(maptools)
require(ggplot2)
gpclibPermit() # required for the fortify method
# Load the shapefile
africa=readOGR("/home/GIS",layer="africaII")
names(africa) 
# Load the data on conflict
conflict<-read.csv("africa_conflict.csv", header=TRUE)
names(conflict)
# Merge the data together
africadat<-merge(africa, conflict, by="ISO3")
# Changing the data in the shapefile
africa@data <- africadat
# Fortify so that ggplot can plot
africa.points = fortify(africa,region="ISO3")
# Change "id" to "ISO3"such that the datasets can be merged again
names(africa.points)[names(africa.points)=="id"]<-"ISO3"
africa.df=merge(africa.points,africadat,by="ISO3")
# Plot the data
ggplot(africa.df) + 
aes(long,lat,group=group) + 
geom_polygon(aes(fill =onset))+
geom_path(color="white") +
coord_equal()

Collegamento ai dati di replica

Aggiornamento 13-11-2015: corretto il collegamento al file di forma . Vedi la risposta sotto per la soluzione su come tracciare la coropleth.

Non vedo un problema con il codice sopra, tranne per il fatto che hai 6 livelli chiari in onset, quindi li tratterei come fattori piuttosto che come una variabile continua. Nota la factorchiamata nel codice qui sotto.

ggplot(africa.df) +
  aes(long,lat,group=group) +
  geom_polygon(aes(fill = factor(onset)))+
  geom_path(color="white") +
  coord_equal()

Tale codice fornisce il seguente risultato:

Se vuoi colori personalizzati puoi provare questo:

library(RColorBrewer)
my.cols <- brewer.pal(6, "Blues")

ggplot(africa.df) +
  aes(long,lat,group=group) +
  geom_polygon(aes(fill = factor(onset)))+
  scale_fill_manual("Onset\n", values = my.cols, guide = "legend") +
  geom_path(color="white") +
  coord_equal()

Che produce questo:

Il pacchetto classInt ha una serie di funzioni per calcolare gli intervalli per i dati numerici: installalo e leggi i documenti.

Per gli archivi, la soluzione che ho usato:

#### Choropleth in R example ####

## Libraries
library(classInt)    
library(lattice)
library(RColorBrewer)    
library(sp)

## Shapefile for Sub-Sahara Africa (see link in Q)
africa<-readShapeSpatial("shp/africa.shp") 

## Add data to shapefile
# In this case the number of conflict onsets between 1981-2010
africa$onset<-c(3,0,3,1,3,1,4,2,3,0,
                2,0,3,1,1,0,2,1,1,1,
                2,0,3,0,1,0,0,4,2,1,
                3,0,1,0,6,1,3,1,1,0,
                0,1,1,0,0,0,0)

## Plot 
par(mar=c(1,4,1,1),family="serif")
trellis.par.set(axis.line=list(col=NA)) # Remove borders
spplot(africa,zcol="onset",col.regions=colorRampPalette(c("white","grey10"))(20),
main=list(label="Number of civil conflict onsets 1981-2010",cex=3),
pretty=T,par.settings=list(axis.text=list(cex=3)))