In primo luogo, ho ragione che l'immagine mostra una relazione poligono-punto? In tal caso, devi assicurarti che i poligoni risaltino maggiormente e debbano corrispondere visivamente ai collegamenti. Suggerirei di scegliere un colore di gruppo (diciamo blu), utilizzare il riempimento poligonale azzurro, un bordo blu scuro (aiuta l'occhio a risolvere il bordo del poligono) e il blu medio per il collegamento (associa il collegamento al poligono).
Non userei il colore per esprimere i volumi di flusso nei collegamenti come hai fatto sopra, probabilmente sarà troppo impegnato con molti collegamenti, larghezza e trasparenza sono le variabili con cui giocare.
In secondo luogo, l'essenza del problema è il volume di dati, non è possibile produrre un semplice grafico della rete 1000+ suggerita poiché la visualizzazione sarebbe molto ingombra. I due principali suggerimenti finora sembrano essere di mettere insieme i bordi (visualizzazione ad albero) o di produrre un grafico in cui la disconnessione delle posizioni dallo spazio reale in effetti crea più spazio per visualizzare le connessioni (allo stesso modo perdendo le posizioni reali del famoso tubo mappa di Londra crea più "spazio" nel centro di Londra per aiutare a visualizzare le connessioni tra le stazioni della metropolitana che sono molto vicine tra loro). Entrambi hanno un valore ma il grafico ha l'ovvio svantaggio che mentre hai visualizzato la rete, hai perso le posizioni spaziali reali.
Un'alternativa è far fronte al sovraccarico di dati suddividendo i dati in gruppi. Se non ci sono gruppi logici, i segmenti direzionali (N, NE, E ecc.) Sono un modo possibile per farlo. Costruirò una visualizzazione in cui tutte le relazioni sono oscurate, al passaggio del mouse i poligoni e i collegamenti pertinenti appaiono in grassetto. Un'opzione secondaria sarebbe quella di eseguire il passaggio del mouse tramite il pulsante di attivazione o disattivazione dei pulsanti di livello radio in cui è possibile scegliere più sezioni contemporaneamente.
È inoltre possibile produrre un'animazione in cui i collegamenti vengono visualizzati come loop 3D e i segmenti non sono graffiati uno ad uno con il punto di vista della telecamera che cambia per sfruttare al massimo il 3D (vedere http://senseable.mit.edu/obama/the_world. html che mostra cosa intendo per loop e modifiche alla visualizzazione della telecamera). Dopo che l'animazione è stata mostrata, agli utenti potrebbe essere consentito esplorare liberamente la mappa con i pulsanti di opzione che controllano i segmenti o i gruppi di dati.
Non è così complesso da ottenere utilizzando il client o l'API di Google Earth e kml, ho scritto un blog sulla produzione di loop qui http://googleearthdesign.blogspot.com/2009/09/loop-links-in-google-earth.html e tour qui http://googleearthdesign.blogspot.com/2009/08/creating-tours-howto-2-turning-elements.html . kml è abbastanza facile da capire http://code.google.com/apis/kml/documentation/ .
Mentre sono sempre uno che si preoccupa che le visualizzazioni "appariscenti" siano intelligenti ma inefficaci, sospetto che questo funzionerà e il vantaggio è che l'animazione 3D impressionerà la maggior parte dei clienti.