Risposte:
Gli attributi a selezione multipla possono essere impostati come un elenco separato da virgole (o anche un array) contenente gli ID del valore dell'attributo.
Quindi prima dobbiamo convertire i valori effettivi in ID interni di Magento.
$attrCode = 'color_base';
$sourceModel = Mage::getModel('catalog/product')->getResource()
->getAttribute($attrCode)->getSource();
$valuesText = explode(',', 'red,green,blue');
$valuesIds = array_map(array($sourceModel, 'getOptionId'), $valuesText);
$product->setData($attrCode, $valuesIds);
$product->save();
Modifica l'ultima riga del codice sopra
$product->save();
con
$product->getResource()->saveAttribute($product, $attrCode);
Funziona