Sembra che la tua configurazione di Magento sia ancora compromessa ad un certo punto, quindi dovresti controllare attentamente le impostazioni di Magento + Webserver.
Non puoi fidarti della tua installazione se è stata compromessa. Il modo migliore per procedere sarebbe una configurazione nuova e pulita di tutti i file su un nuovo host con l'ultimo backup prima che il tuo negozio fosse compromesso.
Se ciò non è possibile a causa di vari motivi, è possibile controllare / fare queste cose relative a questo problema:
Rimuovi tutti i file modificati / compromessi rilevati più le estensioni installate
Ancora meglio: esegui un checkout pulito (git) dal tuo sistema di sviluppo con l'ultima versione. Questo sarà il più sicuro a meno che anche il tuo sistema di sviluppo / stadiazione non sia stato compromesso (il che non è il caso se sviluppi localmente o in un ambiente protetto).
Rimuovi gli account amministratore back-end creati
Soprattutto per SUPEE-5344, ci sarà anche un account amministratore creato nel back-end. Rimuovi tutti gli account amministratore nuovi / non necessari.
Piano di backup
A seconda del piano di backup e della strategia, potresti forse pensare a un rollback del tuo database completo.
Controlla le autorizzazioni per file / cartelle
Hai controllato le autorizzazioni per file / cartelle? Non è necessario eseguire tutto con 777 o come utente root. A seconda della configurazione del server, 400/500 può essere sufficiente. Vedi la documentazione qui.
Controlla i log del server
Controlla il registro di accesso / errore dei server web per rintracciare i siti accessibili e gli URL sospetti. Forse trovi IP sospetti da bloccare a livello di firewall.