PyQt se stai sviluppando qualcosa di serio, soprattutto perché le cose che impari si tradurranno direttamente per lavorare con Qt anche in altre lingue se ne avrai bisogno, e Qt è probabilmente il miglior toolkit di interfaccia multipiattaforma disponibile in questo momento.
Ci sono solo due reali (potenziali) svantaggi:
PyQt è disponibile solo con GPL. Ciò significa che se rilasci il codice, deve essere disponibile con una licenza compatibile, secondo i termini dell'eccezione GPL di Nokia o con una licenza commerciale (che costa denaro). Questo è in contrasto con Qt, che ora è disponibile con LGPL.
PyQt non è incluso per impostazione predefinita nelle installazioni di Python. Dovrai impacchettare la libreria da solo. (Ars Technica ha un buon articolo su come farlo per Windows e OS X.)