Come scoprire quale versione del pacchetto è caricata in R?

Sono in procinto di capire come usare il mio cluster universitario. Ha 2 versioni di R installate. Sistema R 2.11 (Debian 6.0) e R 2.14.2 in posizione non standard.

Sto provando a usare MPI insieme a neve. Il codice che sto cercando di eseguire è il seguente

library(snow)
library(Rmpi)
cl <- makeMPIcluster(mpi.universe.size()-1)
stopCluster(cl)
mpi.quit()

Funziona senza problemi su R 2.11. (Lancio lo script con mpirun -H localhost,n1,n2,n3,n4 -n 1 R --slave -f code.R). Ora quando provo a farlo con R 2.14.2, ricevo il seguente messaggio:

Error: This is R 2.11.1, package 'snow' needs >= 2.12.1
In addition: Warning message:

Quindi sembra che R carichi la versione snow del pacchetto compilata per R 2.11. Ho installato snow sotto R 2.14 nella mia cartella home e ho aggiunto le seguenti righe al mio codice:

.libPaths("/soft/R/lib/R/library")
.libPaths("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.11")
print(.libPaths())
print(sessionInfo())
print(version)

E l'output prima dell'errore conferma che sto effettivamente eseguendo R 2.14.2 e la mia cartella dei pacchetti R è la prima nel percorso di ricerca. Ma ho ancora l'errore.

Quindi la mia domanda è come determinare quale versione del pacchetto è caricata in R? Posso vedere con installed.packagestutti i pacchetti installati, quindi forse c'è qualche funzione che elenca informazioni simili per i pacchetti caricati?

Puoi usarlo sessionInfo()per farlo.

> sessionInfo()
R version 2.15.0 (2012-03-30)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8    LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] graphics  grDevices utils     datasets  stats     grid      methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_0.9.0  reshape2_1.2.1 plyr_1.7.1    

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-1   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       MASS_7.3-18        memoise_0.1        munsell_0.3       
 [7] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 scales_0.2.0       stringr_0.6       
> 

Tuttavia, secondo i commenti e la risposta di seguito, ci sono opzioni migliori

> packageVersion("snow")

[1] '0.3.9'

O:

"Rmpi" %in% loadedNamespaces()

Puoi usare packageVersionper vedere quale versione di un pacchetto è caricata

> packageVersion("snow")
[1] ‘0.3.9’

Anche se sembra che tu voglia vedere quale versione di R stai eseguendo, nel qual caso il sessionInfosuggerimento di @ Justin è la strada da percorrere

Per verificare la versione di R eseguire: R --version

O dopo essere nella shell R, stampare il contenuto di version$version.string

MODIFICARE

Per verificare la versione dei pacchetti installati, procedere come segue.

Dopo aver caricato la libreria, è possibile eseguire sessionInfo ()

Ma per conoscere l'elenco di tutti i pacchetti installati:

packinfo <- installed.packages(fields = c("Package", "Version"))
packinfo[,c("Package", "Version")]

OPPURE per estrarre una versione specifica della libreria, dopo aver estratto le informazioni usando la installed.packagefunzione come sopra, basta usare il nome del pacchetto nella prima dimensione della matrice.

packinfo["RANN",c("Package", "Version")]
packinfo["graphics",c("Package", "Version")]

Quanto sopra stamperà le versioni della libreria RANN e della libreria grafica.

Tecnicamente parlando, tutte le risposte in questo momento sono sbagliate. packageVersionnon restituisce la versione del pacchetto caricato. Va sul disco e recupera la versione del pacchetto da lì.

Questo non farà la differenza nella maggior parte dei casi, ma a volte lo fa. Per quanto ne so, l'unico modo per ottenere la versione di un pacchetto caricato è piuttosto hackish:

asNamespace(pkg)$`.__NAMESPACE__.`$spec[["version"]]

dov'è pkgil nome del pacchetto.

EDIT: Non sono sicuro quando è stata aggiunta questa funzione, ma puoi anche usare getNamespaceVersion, questo è più pulito:

getNamespaceVersion(pkg)

Puoi provare qualcosa del genere:

1. package_version(R.version)

2. getRversion()

Soluzione GUI:

Se si utilizza RStudio, è possibile verificare la versione del pacchetto nel Packagesriquadro.

Utilizzare il metodo R packageDescriptionper ottenere la descrizione del pacchetto installato e per la versione utilizzare solo $Versioncome:

packageDescription("AppliedPredictiveModeling")$Version
[1] "1.1-6"

Sulla base delle risposte precedenti, ecco un semplice modo alternativo di stampare la versione R, seguito dal nome e dalla versione di ciascun pacchetto caricato nello spazio dei nomi. Funziona nel notebook Jupyter, dove ho avuto problemi a correre sessionInfo()e R --version.

print(paste("R", getRversion()))
print("-------------")
for (package_name in sort(loadedNamespaces())) {
    print(paste(package_name, packageVersion(package_name)))
}

Su:

[1] "R 3.2.2"
[1] "-------------"
[1] "AnnotationDbi 1.32.2"
[1] "Biobase 2.30.0"
[1] "BiocGenerics 0.16.1"
[1] "BiocParallel 1.4.3"
[1] "DBI 0.3.1"
[1] "DESeq2 1.10.0"
[1] "Formula 1.2.1"
[1] "GenomeInfoDb 1.6.1"
[1] "GenomicRanges 1.22.3"
[1] "Hmisc 3.17.0"
[1] "IRanges 2.4.6"
[1] "IRdisplay 0.3"
[1] "IRkernel 0.5"

Vecchia domanda, ma non tra le risposte è il mio comando preferito per ottenere una rapida e breve panoramica di tutti i pacchetti caricati:

(.packages())

Per vedere quale versione è installata di tutti i pacchetti caricati, basta usare il comando sopra per sottoinsieme installed.packages().

installed.packages()[(.packages()),3]

Modificando il numero di colonna (3 per la versione del pacchetto) è possibile ottenere qualsiasi altra informazione archiviata installed.packages()in una matrice di facile lettura. Di seguito è riportato un esempio per il numero di versione e la dipendenza:

installed.packages()[(.packages()),c(3,5)]

Utilizzare il seguente codice per ottenere la versione dei pacchetti R installati nel sistema:

installed.packages(fields = c ("Package", "Version"))

Basta usare help(package="my_package")e guardare la versione mostrata.

Ciò presuppone che non ci siano altre versioni del pacchetto nella stessa .libPaths.

Search () può fornire un elenco più semplificato dei pacchetti allegati in una sessione (ovvero, senza le informazioni dettagliate fornite da sessionInfo ())

cerca {base} - R
Descrizione della documentazione : fornisce un elenco di pacchetti allegati. Ricerca()

search()
#[1] ".GlobalEnv"        "package:Rfacebook" "package:httpuv"   
#"package:rjson"    
#[5] "package:httr"      "package:bindrcpp"  "package:forcats"   # 
#"package:stringr"  
#[9] "package:dplyr"     "package:purrr"     "package:readr"     
#"package:tidyr"    
#[13] "package:tibble"    "package:ggplot2"   "package:tidyverse" 
#"tools:rstudio"    
#[17] "package:stats"     "package:graphics"  "package:grDevices" 
#"package:utils"    
#[21] "package:datasets"  "package:methods"   "Autoloads"         
#"package:base"