Come selezionare un mirror CRAN in R

Sto cercando di installare un pacchetto tramite il prompt R effettuando le seguenti operazioni:

install.packages('RMySQL')

Ma l'output è il seguente:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

E nient'altro! Non riesco a trovare una soluzione a questo problema di base. Cosa dovrei digitare per selezionare un mirror CRAN?

MODIFICARE:

Sistema operativo: Mac-OS X 10.6.8 R Versione: 2.15.0

Dovresti ottenere una finestra con un elenco di repository o un menu di testo con alcune opzioni. Ma se ciò non viene visualizzato, è sempre possibile specificare il mirror da dove scaricare i pacchetti utilizzando il reposparametro. In questo modo, R non ti chiederà più informazioni sul repository. Esempio:

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

Ecco un elenco di mirror per R.

Ecco cosa faccio, che è sostanzialmente direttamente dalla example(Startup)pagina:

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

che è dentro ~/.Rprofile.

Modifica: com'è ora il 2018, possiamo aggiungere che negli ultimi anni l'URL "https://cloud.r-project.org"è stato preferibile in quanto riflette a) accesso https eb) un CDN "sempre vicino a te".

Sono un fan di:

chooseCRANmirror()

Che stamperà l'elenco dei mirror nell'output (non preoccuparti di una finestra popup poiché lo stai eseguendo dal terminale) e quindi inserisci il numero desiderato.

Uso la soluzione ~ / .Rprofile suggerita da Dirk, ma volevo solo precisarlo

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

sembra essere la cosa sensata da fare invece di

chooseCRANmirror(81)

, che potrebbe funzionare, ma che coinvolge il numero magico 81 (o forse questo è un modo sottile per promuovere il turismo in 81 = UK (Bristol) :-))

La schermata di selezione del repository non può essere visualizzata sul sistema (OS X), poiché OS X non include più X11. R tenta di mostrarti il ​​prompt tramite X11. Installa X11 da http://xquartz.macosforge.org/landing/ . Quindi eseguire il comando di installazione. Verrà visualizzato il prompt di selezione repo.

Se è necessario impostare il mirror in modo non interattivo (ad esempio eseguendo un'installazione rbundler in uno script di distribuzione), è possibile farlo in questo modo:

Prima esecuzione manuale:

chooseCRANmirror()

Scegli il numero mirror più adatto a te e ricordalo. Quindi per automatizzare la selezione:

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Dove 87 è il numero del mirror che si desidera utilizzare. Questo frammento installa anche rbundle per te. Puoi ometterlo se vuoi.

ero solito

chooseCRANmirror(81)

ti dà la richiesta di selezionare il paese. Quindi è possibile effettuare una selezione digitando il codice mirror del paese specificato lì.

Verrà visualizzato un menu a discesa da cui selezionare (o si otterrà un sacco di numeri tra cui scegliere), sia che si utilizzi R nel terminale o un IDE come RStudio. Questo è supportato su Windows, Mac OS e la maggior parte dei sistemi Linux. Tuttavia, potrebbe richiedere una configurazione aggiuntiva o dipendenze come X-windows.

Per abilitare X-windows quando si usa l'accesso remoto usare i seguenti -XYflag:

ssh -XY username@server.domain

Esiste spesso un repository predefinito ma questo può essere specificato in caso di problemi, come l'esecuzione di script o Rmarkdown / knitr. È possibile utilizzare l' repoopset mirror o repository per CRAN ogni volta che si installa con:

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

Si consiglia di utilizzare il mirror più vicino alla propria posizione per download più rapidi. Per esempio:

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Puoi anche impostare l' reposopzione nella tua sessione in modo da averne bisogno solo una volta per sessione interattiva (o script). Puoi verificare se reposè configurato con:

options(repos)

Se lo ottieni "Error in options(repos) : object 'repos' not found", puoi impostare l'opzione del repository. Per esempio:

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Quindi dovrebbe funzionare per installare i pacchetti come al solito. Per esempio:

install.packages("RMySQL")

Come menzionato da altri, puoi configurare il repository nel tuo .Rprofilefile e fare in modo che questo funzioni su tutti i tuoi script. Sta a te decidere se preferisci queste opzioni "globali" sul tuo sistema o opzioni "locali" nella tua sessione o script. Queste opzioni "locali" richiedono più tempo per utilizzare ogni sessione ma hanno il vantaggio di rendere gli altri in grado di utilizzare i tuoi script se non ne hanno .Rprofile.

Avevo, su macOS, l'esatta cosa che dici: un prompt 'per favore seleziona' e poi niente di più.

Dopo aver aperto (e aggiornato; non so se fosse rilevante) X-Quartz, quindi ho riavviato R e riprovato, dopo pochi secondi ho ottenuto un elenco di mirroring di X-window. La terza volta fu più veloce.

Puoi anche disabilitare tutti i menu grafici eseguendo questo o posizionandolo nel tuo Rprofile

options(menu.graphics = FALSE)

Aggiungi a ~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})