Rimozione di spazi bianchi attorno a un'immagine salvata in matplotlib

Devo prendere un'immagine e salvarla dopo qualche processo. La figura sembra a posto quando la visualizzo, ma dopo aver salvato la figura, ho ottenuto uno spazio bianco attorno all'immagine salvata. Ho provato l' 'tight'opzione per il savefigmetodo, non ha funzionato neanche. Il codice:

  import matplotlib.image as mpimg
  import matplotlib.pyplot as plt

  fig = plt.figure(1)
  img = mpimg.imread(path)
  plt.imshow(img)
  ax=fig.add_subplot(1,1,1)

  extent = ax.get_window_extent().transformed(fig.dpi_scale_trans.inverted())
  plt.savefig('1.png', bbox_inches=extent)

  plt.axis('off') 
  plt.show()

Sto cercando di tracciare un grafico di base usando NetworkX su una figura e salvarlo. Mi sono reso conto che senza grafico funziona, ma quando aggiunto un grafico ottengo uno spazio bianco attorno all'immagine salvata;

import matplotlib.image as mpimg
import matplotlib.pyplot as plt
import networkx as nx

G = nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_node(2)
G.add_node(3)
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(1,2)
pos = {1:[100,120], 2:[200,300], 3:[50,75]}

fig = plt.figure(1)
img = mpimg.imread("C:\\images\\1.jpg")
plt.imshow(img)
ax=fig.add_subplot(1,1,1)

nx.draw(G, pos=pos)

extent = ax.get_window_extent().transformed(fig.dpi_scale_trans.inverted())
plt.savefig('1.png', bbox_inches = extent)

plt.axis('off') 
plt.show()

Non posso affermare di sapere esattamente perché o come funziona la mia "soluzione", ma questo è quello che dovevo fare quando volevo tracciare il contorno di un paio di sezioni di profilo alare - senza margini bianchi - in un file PDF. (Nota che ho usato matplotlib all'interno di un notebook IPython, con il flag -pylab.)

plt.gca().set_axis_off()
plt.subplots_adjust(top = 1, bottom = 0, right = 1, left = 0, 
            hspace = 0, wspace = 0)
plt.margins(0,0)
plt.gca().xaxis.set_major_locator(plt.NullLocator())
plt.gca().yaxis.set_major_locator(plt.NullLocator())
plt.savefig("filename.pdf", bbox_inches = 'tight',
    pad_inches = 0)

Ho provato a disattivare diverse parti di questo, ma questo porta sempre a un margine bianco da qualche parte. Potresti anche averlo modificato per evitare che le linee grasse vicino ai limiti della figura vengano rasate dalla mancanza di margini.

È possibile rimuovere il riempimento degli spazi bianchi impostando bbox_inches="tight"in savefig:

plt.savefig("test.png",bbox_inches='tight')

Dovrai mettere l'argomento bbox_inchescome una stringa, forse è per questo che non ha funzionato prima per te.

Possibili duplicati:

Grafici matplotlib: rimozione di assi, legende e spazi bianchi

Come impostare i margini per una figura matplotlib?

Riduci i margini sinistro e destro nel grafico matplotlib

Dopo aver provato le risposte di cui sopra senza successo (e una serie di altri post dello stack) quello che alla fine ha funzionato per me è stato giusto

plt.gca().set_axis_off()
plt.subplots_adjust(top = 1, bottom = 0, right = 1, left = 0, 
            hspace = 0, wspace = 0)
plt.margins(0,0)
plt.savefig("myfig.pdf")

È importante sottolineare che questo non include gli argomenti bbox o padding.

Ho trovato qualcosa da Arvind Pereira ( http://robotics.usc.edu/~ampereir/wordpress/?p=626 ) e sembrava funzionare per me:

plt.savefig(filename, transparent = True, bbox_inches = 'tight', pad_inches = 0)

La seguente funzione incorpora la risposta di johannes sopra. L'ho testato con plt.figuree plt.subplots()con più assi e funziona bene.

def save(filepath, fig=None):
    '''Save the current image with no whitespace
    Example filepath: "myfig.png" or r"C:\myfig.pdf" 
    '''
    import matplotlib.pyplot as plt
    if not fig:
        fig = plt.gcf()

    plt.subplots_adjust(0,0,1,1,0,0)
    for ax in fig.axes:
        ax.axis('off')
        ax.margins(0,0)
        ax.xaxis.set_major_locator(plt.NullLocator())
        ax.yaxis.set_major_locator(plt.NullLocator())
    fig.savefig(filepath, pad_inches = 0, bbox_inches='tight')

Ho scoperto che i seguenti codici funzionano perfettamente per il lavoro.

fig = plt.figure(figsize=[6,6])
ax = fig.add_subplot(111)
ax.imshow(data)
ax.axes.get_xaxis().set_visible(False)
ax.axes.get_yaxis().set_visible(False)
ax.set_frame_on(False)
plt.savefig('data.png', dpi=400, bbox_inches='tight',pad_inches=0)

ho seguito questa sequenza e ha funzionato come un fascino.

plt.axis("off")
fig=plt.imshow(image array,interpolation='nearest')
fig.axes.get_xaxis().set_visible(False)
fig.axes.get_yaxis().set_visible(False)
plt.savefig('destination_path.pdf',
    bbox_inches='tight', pad_inches=0, format='pdf', dpi=1200)

Per chiunque voglia lavorare in pixel anziché in pollici questo funzionerà.

Inoltre avrai anche il solito

from matplotlib.transforms import Bbox

Quindi è possibile utilizzare quanto segue:

my_dpi = 100 # Good default - doesn't really matter

# Size of output in pixels
h = 224
w = 224

fig, ax = plt.subplots(1, figsize=(w/my_dpi, h/my_dpi), dpi=my_dpi)

ax.set_position([0, 0, 1, 1]) # Critical!

# Do some stuff
ax.imshow(img)
ax.imshow(heatmap) # 4-channel RGBA
ax.plot([50, 100, 150], [50, 100, 150], color="red")

ax.axis("off")

fig.savefig("saved_img.png",
            bbox_inches=Bbox([[0, 0], [w/my_dpi, h/my_dpi]]),
            dpi=my_dpi)

Un approccio molto più semplice che ho trovato è usare plt.imsave:

    import matplotlib.pyplot as plt
    arr = plt.imread(path)
    plt.imsave('test.png', arr)

Puoi provare questo. Ha risolto il mio problema.

import matplotlib.image as mpimg
img = mpimg.imread("src.png")
mpimg.imsave("out.png", img, cmap=cmap)

Se si desidera visualizzare ciò che deve essere salvato, si consiglia di utilizzare la plt.tight_layouttrasformazione che è in realtà più preferibile in quanto non esegue ritagli non necessari quando si utilizzaplt.savefig

import matplotlib as plt    
plt.plot([1,2,3], [1,2,3])
plt.tight_layout(pad=0)
plt.savefig('plot.png')

Questo funziona per me salvando un array intorpidito tracciato con imshow su file

import matplotlib.pyplot as plt

fig = plt.figure(figsize=(10,10))
plt.imshow(img) # your image here
plt.axis("off")
plt.subplots_adjust(top = 1, bottom = 0, right = 1, left = 0, 
        hspace = 0, wspace = 0)
plt.savefig("example2.png", box_inches='tight', dpi=100)
plt.show()