Creazione programmatica di tabelle Markdown in R con KnitR

Sto appena iniziando a conoscere KnitR e l'uso di Markdown nella generazione di documenti e report R. Questo sembra essere perfetto per la maggior parte dei rapporti quotidiani che ho a che fare con il mio lavoro. Tuttavia, una cosa che non vedo è un modo semplice per stampare frame di dati e tabelle usando la formattazione Markdown (un po 'come xtable, ma con Markdown invece di LaTeX o HTML). So che posso semplicemente incorporare l'output HTML da xtable, ma mi chiedevo se esistessero soluzioni basate su Markdown?

Ora knitr(dalla versione 1.3) il pacchetto include la kablefunzione per la creazione di tabelle:

> library(knitr)
> kable(head(iris[,1:3]), format = "markdown")
|  Sepal.Length|  Sepal.Width|  Petal.Length|
|-------------:|------------:|-------------:|
|           5,1|          3,5|           1,4|
|           4,9|          3,0|           1,4|
|           4,7|          3,2|           1,3|
|           4,6|          3,1|           1,5|
|           5,0|          3,6|           1,4|
|           5,4|          3,9|           1,7|

AGGIORNATO : se si ottiene un markdown grezzo in un documento, provare l' results = "asis"opzione di blocco di configurazione .

Due pacchetti che faranno questo sono pander

library(devtools)
install_github('pander', 'Rapporter')

O ascii

pander è un approccio leggermente diverso alla costruzione dei report, (ma può essere utile per questa funzionalità).

asciiti permetterà di printcon type = 'pandoc(o vari altri gusti di ribasso)

library(ascii)
print(ascii(head(iris[,1:3])), type = 'pandoc')



    **Sepal.Length**   **Sepal.Width**   **Petal.Length**  
--- ------------------ ----------------- ------------------
1   5.10               3.50              1.40              
2   4.90               3.00              1.40              
3   4.70               3.20              1.30              
4   4.60               3.10              1.50              
5   5.00               3.60              1.40              
6   5.40               3.90              1.70              
--- ------------------ ----------------- ------------------

Nota che in entrambi questi casi, è diretto verso l'utilizzo pandocper convertire da markdown al tipo di documento desiderato, tuttavia l'utilizzo style='rmarkdown'creerà tabelle compatibili con questo markdownpacchetto e la conversione incorporata in rstudio.

Volevo solo aggiornare questo con quello che ho deciso di fare. Sto usando il hwriterpacchetto in questo momento per stampare le tabelle e usando le funzionalità row.*e col.*per inserire classi CSS su elementi diversi. Quindi, ho scritto CSS personalizzato per rendere la mia visualizzazione come volevo. Quindi, ecco un esempio nel caso in cui qualcun altro abbia a che fare con qualcosa di simile.

Innanzitutto, crea un file che eseguirà knittinge cambierà il Markdown in HTML:

FILE: file_knit.r
#!/usr/bin/env Rscript

library(knitr)
library(markdown)

knit("file.Rmd")
markdownToHTML("file.md","file.html",stylesheet="~/custom.css")

Quindi, crea il file Markdown effettivo:

FILE: file.Rmd
Report of Fruit vs. Animal Choices
==================================

This is a report of fruit vs. animal choices.

```{r echo=FALSE,results='asis'}
library(hwriter)
set.seed(9850104)
my.df <- data.frame(Var1=sample(x=c("Apple","Orange","Banana"),size=40,replace=TRUE),
                    Var2=sample(x=c("Dog","Cat","Bunny"),size=40,replace=TRUE))

tbl1 <- table(my.df$Var1,my.df$Var2)

tbl1 <- cbind(tbl1,rowSums(tbl1))
tbl1 <- rbind(tbl1,colSums(tbl1))

colnames(tbl1)[4] <- "TOTAL"
rownames(tbl1)[4] <- "TOTAL"

# Because I used results='asis' for this chunk, I can just use cat() and hwrite() to 
# write out the table in HTML. Using hwrite()'s row.* function, I can assign classes
# to the various table elements.
cat(hwrite(tbl1,
           border=NA,
           table.class="t1",
           row.class=list(c("header col_first","header col","header col","header col", "header col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("col_first","col","col","col","col_last"),
                          c("footer col_first","footer col","footer col","footer col","footer col_last"))))
```

Infine, crea un file CSS personalizzato.

FILE: custom.css
body {
  font-family: sans-serif;
  background-color: white;
  font-size: 12px;
  margin: 20px;
}

h1 {font-size:1.5em;}

table {
  border: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  border-collapse: collapse;
  margin-bottom: 20px;
  text-align: center;
  padding: 0px;
}

.t1 .header {
  color: white;
  background-color: black;
  border-bottom: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  font-weight: bold;
}

.t1 .footer {
  border-top: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

.t1 .col_first {
  border-right: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
  text-align: left;
  font-weight: bold;
  width: 75px;
}

.t1 .col {
  width: 50px;
}

.t1 .col_last {
  width: 50px;
  border-left: solid;
  border-color: black;
  border-width: 2px;
}

L'esecuzione ./file_knit.rmi dà file.html, che assomiglia a questo:

Quindi, si spera che questo possa essere utile ad altri che desiderano un po 'più di formattazione nell'output di Markdown!

Ci sono funzioni nel panderpacchetto:

> library(pander)
> pandoc.table(head(iris)[, 1:3])

-------------------------------------------
 Sepal.Length   Sepal.Width   Petal.Length 
-------------- ------------- --------------
     5.1            3.5           1.4      

     4.9             3            1.4      

     4.7            3.2           1.3      

     4.6            3.1           1.5      

      5             3.6           1.4      

     5.4            3.9           1.7      
-------------------------------------------

Non è molto difficile creare una funzione personalizzata. Ecco una dimostrazione di concetto molto semplice per generare una tabella rmarkdown di data.frame:

   rmarkdownTable <- function(df){
      cat(paste(names(df), collapse = "|"))
      cat("\n")
      cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
      cat("\n")

      for(i in 1:nrow(df)){
        cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
        cat("\n")
        }
    invisible(NULL)
    }

Nel documento .Rmd dovresti quindi utilizzare la funzione con results = 'asis':

```{r, results = 'asis'}
rmarkdownTable <- function(df){
  cat(paste(names(df), collapse = "|"))
  cat("\n")
  cat(paste(rep("-", ncol(df)), collapse = "|"))
  cat("\n")

  for(i in 1:nrow(df)){
    cat(paste(df[i,], collapse = "|"))
    cat("\n")
    }
invisible(NULL)
}

rmarkdownTable(head(iris))
```

Il codice sopra ti darebbe la seguente figura (nell'esempio questo è l'output pdf, ma poiché la tabella è in markdwon, potresti lavorare anche in html o word).

Da qui - e leggendo il codice di altre persone - puoi capire come manipolare il testo per generare la tabella che desideri e creare funzioni più personalizzate.

usa una combinazione di knitr :: kable e xtable nel tuo documento markdown.

library("knitr","xtable")

per un semplice data.frame -

kable(head(mtcars[,1:4]),format="markdown")
kable(head(mtcars[,1:4]),format="pandoc",caption="Title of the table")

format="pandoc" consente più opzioni come didascalia.

Ora la combinazione per il riepilogo del modello .

data(tli)
fm1 <- aov(tlimth ~ sex + ethnicty + grade + disadvg, data=tli)
kable(xtable(fm1), caption = "Annova table")

per ancora più opzioni guarda stargazerpackage invece di xtable.

esempio per uso personale

Per scrivere / creare tabelle Markdown in R, puoi anche usare MarkdownReports ' MarkDown_Table_writer_DF_RowColNames() o MarkDown_Table_writer_NamedVector()funzioni. Basta passare un data frame / matrice con nomi di dimensioni o un vettore con nomi e analizza e scrive la tabella in formato Markdown.

La mia funzione per Gitlab:

to_markdown<-function(df) {
    wrap<-function(x,sep=" ") paste0("|", sep, paste(x, collapse=paste0(sep,"|",sep)), sep, "|", sep=sep)
    paste0(wrap(colnames(df)),
    "\n",
    wrap(rep("------", ncol(df)),sep=""),
    "\n",
    paste(apply(df, 1, wrap), collapse="\n"))
}

cat(to_markdown(head(iris[,1:3])))

| Sepal.Length | Sepal.Width | Petal.Length | 
|------|------|------|
| 5.1 | 3.5 | 1.4 | 
| 4.9 | 3 | 1.4 | 
| 4.7 | 3.2 | 1.3 | 
| 4.6 | 3.1 | 1.5 | 
| 5 | 3.6 | 1.4 | 
| 5.4 | 3.9 | 1.7 |