Errore pydot e graphviz: impossibile importare dot_parser, il caricamento dei file dot non sarà possibile

Quando eseguo un codice molto semplice con pydot

import pydot
graph = pydot.Dot(graph_type='graph')

for i in range(3):

  edge = pydot.Edge("king", "lord%d" % i)
  graph.add_edge(edge)

vassal_num = 0
for i in range(3):
  for j in range(2):
    edge = pydot.Edge("lord%d" % i, "vassal%d" % vassal_num)
    graph.add_edge(edge)
    vassal_num += 1

graph.write_png('example1_graph.png')

Mi stampa il messaggio di errore:

Couldn't import dot_parser, loading of dot files will not be possible.

Sto usando python 2.7.3

Risposta per pydot >= 1.1:

L'incompatibilità di (upstream) pydotè stata risolta da 6dff94b3f1 e quindi pydot >= 1.1sarà compatibile conpyparsing >= 1.5.7 .

Risposta applicabile a pydot <= 1.0.28:

Per chiunque altro si imbatta in questo, è dovuto ai cambiamenti nel pyparsing dalla versione 1.x alla versione 2.x. Per installare pydot utilizzando pip, installa prima la versione precedente di pyparsing:

pip install pyparsing==1.5.7
pip install pydot==1.0.28

Se non hai installato pyparsingutilizzando pip, ma invece utilizzato setup.py, dai un'occhiata a questa soluzione per disinstallare il pacchetto. Grazie @qtips.

C'è un nuovo pacchetto nel repository pip chiamato pydot2 che funziona correttamente con pyparsing2. Non ho potuto eseguire il downgrade dei miei pacchetti perché matplotlib dipende dal pacchetto di pyparsing più recente.

Nota: python2.7 da macports

pydot ha utilizzato una variabile del modulo privato (_noncomma) da pyparsing. La differenza di seguito lo risolve da utilizzare per il pyparsing 2.0.1:

diff --git a/dot_parser.py b/dot_parser.py
index dedd61a..138d152 100644
--- a/dot_parser.py
+++ b/dot_parser.py
@@ -25,8 +25,9 @@ from pyparsing import __version__ as pyparsing_version
 from pyparsing import ( nestedExpr, Literal, CaselessLiteral, Word, Upcase, OneOrMore, ZeroOrMore,
     Forward, NotAny, delimitedList, oneOf, Group, Optional, Combine, alphas, nums,
     restOfLine, cStyleComment, nums, alphanums, printables, empty, quotedString,
-    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, _noncomma, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )
+    ParseException, ParseResults, CharsNotIn, dblQuotedString, QuotedString, ParserElement )

+_noncomma = "".join( [ c for c in printables if c != "," ] )

 class P_AttrList:

Ho biforcato il repository pydot [1], applicato la patch Gabi Davar e alcune modifiche per supportare python-3. Il pacchetto è disponibile nel PyPI [2].

Saluti

• [1] https://pypi.python.org/pypi/pydot2/1.0.32
• [2] https://pypi.python.org/pypi/pydot2

$ sudo pip uninstall pydot

$ sudo pip install pydot2

Vedere il seguente collegamento: http://infidea.net/troubleshooting-couldnt-import-dot_parser-loading-of-dot-files-will-not-be-possible/

La soluzione non era installare pydot da qualche parte, ma "python-pydot" dai repository ufficiali di Ubuntu.

Ora ci sono almeno altre 2 versioni che sembrano supportare PyParsing-2 e Python-3:

• PyDotPlus di Carlos Jenkins con un bel buildbot di travis e una documentazione di fantasia . Tuttavia, sarà necessario modificare il nome della cartella da site-packages\pydotplusa site-packages\pydotaffinché funzioni con i programmi esistenti che importano pydot.
• pydot3k di bmcorser . Purtroppo, non ha funzionato!
• prologic / pydot di James Mills collegato alla code page ufficiale di Google pydot come ...

  un ramo per la compatibilità con Python 3

• ed ecco un collegamento funzionante al pydot2 di David Villa che funziona bene: https://pypi.python.org/pypi/pydot2/1.0.32

Ho avuto di nuovo il problema e la mia soluzione sopra non ha funzionato. Se questo è vero per te e stai anche usando Anaconda su un Mac con El Capitan, prova questo:

conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG graphviz`
conda install --channel https://conda.anaconda.org/RMG pydot

Quello che ho fatto alla fine dopo così tanti tentativi da quello che ho visto qui (pseudo sequenza per farlo funzionare per networkx):

apt-get remove python-pydot
pip install pydotplus
apt-get install libcgraph6
apt-get install python-pygraphviz


# pip freeze | grep pydot
 pydotplus==2.0.2
# pip freeze | grep pyparsing
pyparsing==2.2.0
# pip freeze | grep graphviz
pygraphviz==1.2
# python -c 'import pydotplus'
#

Questo ha funzionato per me (Mac OS X 10.9 con Python 2.7.10 su Anaconda):

conda uninstall pydot

Poi,

conda install pydot

Il pyparsing viene quindi declassato (da 2.xa 1.5.7) all'installazione di pydot. Future Googler: questo mi ha permesso di installare e importare Theano correttamente.

Su OSX Mavericks quanto segue ha fatto il trucco ... Ho ricevuto lo stesso errore ma in fondo c'era anche un reclamo che l'eseguibile di graphviz non era presente ... Penso che il problema fosse che avevo installato graphviz prima degli altri moduli?

brew uninstall graphviz
brew install graphviz

Quando altre soluzioni non funzionano, questo è un metodo rapido e sporco per risolvere il problema:

Questo esempio è da python 2.7 su Ubuntu 16.04.

Modifica il file python2.7 / site-packages / keras / utils / visualize_util.py e commenta il segmento di codice di seguito.

if not pydot.find_graphviz():
    raise ImportError('Failed to import pydot. You must install pydot'
                      ' and graphviz for `pydotprint` to work.')

find_graphviz () è ridondante sulle versioni più recenti di pydot e la chiamata precedente non funziona.

Ho anche incontrato il problema e il mio pydot == 1.0.28 durante il pyparsing == 2.2.0. Ho risolto il problema scaricando il nuovissimo pydot 1.2.3 (tar.gz) da google e poi installandolo offline. Quando ho aggiornato il pydot in ubuntu 14.04, ho detto che pydot 1.0.28 è la versione più recente. Quindi scarico da google la versione 1.2.3.

È necessario eseguire il downgrade del pyparsing dalla versione 2.x alla versione 1.5.7 per far funzionare correttamente pydot.

Per win-64, usando Conda, questo ha funzionato per me:

conda install -c https://conda.anaconda.org/Trentonoliphant pyparsing=1.5.7

Ho quindi disabilitato / disinstallato la versione 2.x e ho ricaricato il pyparsing nel mio script:

pyparsing = reload(pyparsing)
pydot = reload(pydot)

Per verificare se hai la versione corretta in esecuzione:

print pyparsing.__version__