Esegui lo script R dalla riga di comando

Ho un file, chiamato a.r, ha un chmod755,

sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Come posso eseguirlo tramite riga di comando?

Se si desidera che l'output venga stampato sul terminale, è consigliabile utilizzare Rscript

Rscript a.R

Si noti che quando si utilizza R CMD BATCH a.Rquello invece di reindirizzare l'output allo standard out e visualizzare sul terminale verrà creato un nuovo file chiamato a.Rout.

R CMD BATCH a.R
# Check the output
cat a.Rout

Un'altra cosa da notare sull'uso di Rscript è che non carica il methodspacchetto per impostazione predefinita, il che può causare confusione. Quindi, se fai affidamento su qualcosa che i metodi forniscono, ti consigliamo di caricarlo esplicitamente nel tuo script.

Se vuoi davvero usare il ./a.Rmodo di chiamare lo script, potresti aggiungere un appropriato #!nella parte superiore dello script

#!/usr/bin/env Rscript
sayHello <- function(){
   print('hello')
}

sayHello()

Noterò anche che se stai eseguendo un sistema * unix c'è l'utile pacchetto littler che fornisce un facile reindirizzamento della riga di comando a R. Potrebbe essere necessario usare littler per eseguire app brillanti tramite uno script? Ulteriori dettagli sono disponibili in questa domanda .

Questo non risponde direttamente alla domanda. Ma qualcuno potrebbe finire qui perché vogliono eseguire un oneliner di R dal terminale. Ad esempio, se vuoi solo installare alcuni pacchetti mancanti ed uscire, questo oneliner può essere molto conveniente. Lo uso molto quando all'improvviso scopro che mi mancano alcuni pacchetti e voglio installarli dove voglio.

• Per installare nella posizione predefinita:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"))'

• Per installare in un percorso che richiede rootprivilegi:

  R -e 'install.packages(c("package1", "package2"), lib="/usr/local/lib/R/site-library")' 

Un altro modo di eseguire uno script R dalla riga di comando sarebbe:

R < scriptName.R --no-save  

o con --save.

Vedi anche Qual è il modo migliore per usare gli script R sulla riga di comando (terminale)? .

È necessario il ?Rscriptcomando per eseguire uno script R dal terminale.

Dai un'occhiata a http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/utils/html/Rscript.html

Esempio

## example #! script for a Unix-alike

#! /path/to/Rscript --vanilla --default-packages=utils
args <- commandArgs(TRUE)
res <- try(install.packages(args))
if(inherits(res, "try-error")) q(status=1) else q()

Come eseguire Rmd al comando con knitr e rmarkdown da più comandi e quindi caricare un file HTML su RPubs

Ecco un esempio: carica due librerie ed esegui un comando R.

R -e 'library("rmarkdown");library("knitr");rmarkdown::render("NormalDevconJuly.Rmd")'

R -e 'library("markdown");rpubsUpload("normalDev","NormalDevconJuly.html")'

Un altro modo per utilizzare Rscript per i sistemi * Unix è la sostituzione di processo .

Rscript <(zcat a.r)
# [1] "hello"

Il che ovviamente fa lo stesso della risposta accettata, ma ciò ti consente di manipolare ed eseguire il tuo file senza salvarlo dalla potenza della riga di comando, ad esempio:

Rscript <(sed s/hello/bye/ a.r)
# [1] "bye"

Simile ad Rscript -e "Rcode"esso consente anche di eseguire senza salvare in un file. Quindi potrebbe essere utilizzato insieme a script che generano codice R, ad esempio:

Rscript <(echo "head(iris,2)")
# Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
# 1          5.1         3.5          1.4         0.2  setosa
# 2          4.9         3.0          1.4         0.2  setosa

Solo per la documentazione, a volte è necessario eseguire lo script come sudo:

sudo Rscript path/to/your/file.R