Come altre persone hanno detto, quando metti javascript in testa ritarda il rendering della pagina fino a dopo il caricamento degli script, il che significa che il caricamento della pagina potrebbe richiedere più tempo, specialmente se stai scaricando file di script di grandi dimensioni.
Se sposti i tag di script alla fine della pagina, ti assicurerai che il browser scarichi immagini e fogli di stile prima dei tag di script e la pagina apparirà probabilmente per essere visualizzata prima che gli script inizino a essere eseguiti. Ciò significa anche che se dipendi da alcune funzionalità dei tuoi script, questo non sarà disponibile fino a quando la pagina non sarà visibile all'utente.
Se stai aggiungendo stili o elementi (ecc. Cambiando i campi di testo con qualche forma di editor più ricco) questo sarà visibile all'utente come sfarfallio.
Se si aggiungono eventi di clic agli elementi, questi non saranno selezionabili fino a quando gli elementi stessi non saranno visibili.
A volte questi problemi ti richiedono di mettere i tuoi copioni in testa, altre volte starai bene incollandoli in fondo.
IMHO (completamente contro YSlow e molte persone intelligenti) dovresti mantenere i tuoi script nel tag head e fare affidamento su di essi per essere memorizzati nella cache la maggior parte del tempo.