Ecco un'illustrazione del problema (testato in Firefox e Chrome):
<div style="background-color: red;"><svg height="100px" width="100" style="background-color: blue;"></svg></div>
Notare lo redspazio extra all'interno divdel blu sotto svg.
Già provato l'impostazione paddinge margindi entrambi gli elementi 0, ma senza fortuna.