write.table scrive una colonna vuota iniziale indesiderata nell'intestazione quando ha rownames

controlla questo esempio:

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> a
  A B C
A 1 4 7
B 2 5 8
C 3 6 9

la tabella viene visualizzata correttamente. Esistono due modi diversi per scriverlo su file ...

write.csv(a, 'a.csv') che dà come previsto:

"","A","B","C"
"A",1,4,7
"B",2,5,8
"C",3,6,9

e write.table(a, 'a.txt')che rovina

"A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

in effetti, manca una scheda vuota .... che è una seccatura per le cose a valle. È un bug o una funzionalità? C'è una soluzione alternativa? (diverso da write.table(cbind(rownames(a), a), 'a.txt', row.names=FALSE)

Salute, yannick

Citando ?write.table, sezione file CSV :

Per impostazione predefinita, non esiste un nome di colonna per una colonna di nomi di riga. Se col.names = NAe row.names = TRUEviene aggiunto un nome di colonna vuoto, che è la convenzione utilizzata per i file CSV da leggere dai fogli di calcolo.

Quindi devi farlo

write.table(a, 'a.txt', col.names=NA)

e ottieni

"" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Una leggera modifica alla risposta molto utile di @Marek aggiungerà un'intestazione alla colonna rownames: aggiungi temporaneamente i rownames come prima colonna nel data.frame e scrivilo, ignorando i rownames reali.

> a = matrix(1:9, nrow = 3, ncol = 3, dimnames = list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3]))
> write.table(data.frame("H"=rownames(a),a),"a.txt", row.names=FALSE)

e ottieni

"H" "A" "B" "C"
"A" 1 4 7
"B" 2 5 8
"C" 3 6 9

Per chiunque lavori nel tidyverse (dplyr, ecc.), La rownames_to_column()funzione del pacchetto tibble può essere utilizzata per convertire facilmente row.names in una colonna, ad esempio:

library('tibble')
a = as.data.frame(matrix(1:9, nrow=3, ncol=3, 
                  dimnames=list(LETTERS[1:3], LETTERS[1:3])))

a %>% rownames_to_column('my_id')

  my_id A B C
1     A 1 4 7
2     B 2 5 8
3     C 3 6 9

Combinando questo con l' row.names=FALSEopzione nei write.table()risultati in output con i nomi di intestazione per tutte le colonne.

Per coloro che riscontrano lo stesso problema durante il salvataggio di una matrice con write.table()e desiderano mantenere la colonna row.names, in realtà esiste una soluzione estremamente semplice:

 write.table(matrix,file="file.csv",quote=F,sep=";", row.names=T
             col.names=c("row_name_col;val1_col","val2_col"))

In questo modo stai sostanzialmente ingannando la write.tablefunzione per creare un'etichetta di intestazione per la colonna row.names. Il file .csv risultante sarebbe simile a questo:

row_name_col;val1_col;val2_col
row1;1;4 
row2;2;5 
row3;3;6 

Ho rivisto una semplice funzione di @mnel, che aggiunge flessibilità utilizzando le connessioni. Ecco la funzione:

my.write <- function(x, file, header, f = write.csv, ...){
# create and open the file connection
datafile <- file(file, open = 'wt')
# close on exit 
on.exit(close(datafile))
# if a header is defined, write it to the file (@CarlWitthoft's suggestion)
if(!missing(header)) {
writeLines(header,con=datafile, sep='\t')
writeLines('', con=datafile, sep='\n')
}
# write the file using the defined function and required addition arguments  
f(x, datafile,...)
}

Puoi specificare che la funzione sia "write.table", "write.csv", "write.delim" ecc.

Saluti!