Come combinare due file RMarkdown (.Rmd) in un unico output?

Ho due file nella stessa cartella: chapter1.Rmd e chapter2.Rmd, con il seguente contenuto:

capitolo1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

capitolo2.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

Come posso lavorarli a maglia in modo che si combinino in un unico output PDF?

Certo, render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document")funziona perfettamente ma render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document")non lo fa.

Perché voglio farlo? Per suddividere un documento gigante in file logici.

Ho usato il pacchetto bookdown di @hadley per creare latex da .Rmd ma questo sembra eccessivo per questo compito particolare. C'è una soluzione semplice usando la riga di comando knitr / pandoc / linux che mi manca? Grazie.

Aggiornamento agosto 2018: questa risposta è stata scritta prima dell'avvento del bookdown , che è un approccio più potente alla scrittura di libri basati su Rmarkdown. Controlla la minima bookdown esempio @ di Mikey-Harper risposta !

Quando desidero suddividere un report di grandi dimensioni in Rmd separato, di solito creo un Rmd padre e includo i capitoli come figli. Questo approccio è facile da capire per i nuovi utenti e, se includi un sommario (toc), è facile navigare tra i capitoli.

report.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

capitolo1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

capitolo2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Costruire

rmarkdown::render('report.Rmd')

Che produce:

E se vuoi un modo rapido per creare i blocchi per i tuoi documenti figlio:

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

Consiglierei alle persone di utilizzare il pacchetto bookdown per creare report da più file R Markdown. Aggiunge molte funzioni utili come i riferimenti incrociati che sono molto utili per documenti più lunghi.

Adattando l'esempio di @Eric , ecco un esempio minimo della configurazione del bookdown . Il dettaglio principale è che il file principale deve essere chiamato index.Rmde deve includere la riga YAML aggiuntiva site: bookdown::bookdown_site:

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd :

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd :

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

Se lavoriamo a maglia, il index.Rmd bookdown unirà tutti i file nella stessa directory in ordine alfabetico (questo comportamento può essere modificato utilizzando un _bookdown.ymlfile aggiuntivo ).

Una volta acquisita dimestichezza con questa configurazione di base, è facile personalizzare il documento bookdown ei formati di output utilizzando file di configurazione aggiuntivi, ad esempio _bookdown.ymle_output.yml

Ulteriori letture

• R Markdown: The definitive Guide : Capitolo 11 fornisce un'ottima panoramica del bookdown
• La creazione di libri con bookdown fornisce una guida completa su bookdown e consigliata per dettagli più avanzati.

Questo ha funzionato per me:

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

Immagina che ci sia una soluzione migliore e che sarebbe bello avere qualcosa di simile nei pacchetti rmarkdown o knitr.