Semplice. IE6 e versioni successive centreranno felicemente la tua tabella con "margin: 0 auto;" se solo la pagina viene visualizzata in modalità "standard". Per far sì che ciò accada, è necessaria una dichiarazione di doctype valida, come
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">
o
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">
È vero, IE5.5 e versioni precedenti si rifiuteranno ancora di centrare la tabella, ma forse puoi conviverci, soprattutto se la pagina è ancora funzionante con la tabella allineata a sinistra. Penso che ormai gli utenti di IE5.5 e versioni precedenti siano abbastanza abituati ad alcuni siti Web dall'aspetto strano, ma devi comunque assicurarti che quei difetti visivi non rendano il tuo sito inutilizzabile.
Buona programmazione!
EDIT: Mi dispiace, forse dovrei sottolineare che non è necessario disporre di un doctype "rigoroso" per ottenere IE6 e in modalità di rendering "standard". Mi sono reso conto che potrebbe sembrare così dagli esempi di doctype che ho pubblicato sopra. Ad esempio, questa dichiarazione di doctype funzionerà ovviamente allo stesso modo:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">