ggplot con 2 assi su ciascun lato e scale diverse


231

Ho bisogno di tracciare un grafico a barre che mostra i conteggi e un grafico a linee che mostra il tasso in un unico grafico, posso fare entrambi separatamente, ma quando li metto insieme, scala il primo livello (cioè il geom_bar) è sovrapposto dal secondo strato (cioè il geom_line).

Posso spostare l'asse del geom_lineverso destra?


5
Potresti usare un approccio come shwon qui, rpubs.com/kohske/dual_axis_in_ggplot2 ?
Tom Wenseleers,


2
scorrere verso il basso per vedere l' ggplot2implementazione nativa all'interno scale_y_*, attualmente chiamata sec.axis.
Patrick

Risposte:


106

A volte un cliente desidera due scale y. Dare loro il discorso "imperfetto" è spesso inutile. Ma mi piace l'insistenza di ggplot2 nel fare le cose nel modo giusto. Sono sicuro che ggplot sta effettivamente istruendo l'utente medio sulle tecniche di visualizzazione appropriate.

Forse puoi utilizzare la sfaccettatura e ridimensionare liberamente per confrontare le due serie di dati? - es. guarda qui: https://github.com/hadley/ggplot2/wiki/Align-two-plots-on-a-page


30
Concordo con Andreas - a volte (come ora, per me) un cliente desidera due serie di dati sulla stessa trama e non vuole sentirmi parlare della teoria della trama. O devo convincerli a non volerlo più (non sempre una battaglia che voglio intraprendere), o dire loro "il pacchetto di trama che sto usando non lo supporta". Quindi oggi passo a ggplot per questo particolare progetto. = (
Ken Williams

58
perché un pacchetto per la stampa deve inserire le proprie opinioni personali su come funziona? No grazie.
Colin,

5
Il tuo link è marcito. Potresti modificare la tua risposta e pubblicare un riepilogo di ciò che era solito dire?
Zach,

24
Non posso essere d'accordo con questo commento (reant). È molto comune (!) Condensare il più possibile le informazioni, ad esempio date le rigide restrizioni imposte dalle riviste scientifiche, ecc., Al fine di trasmettere rapidamente il messaggio. Quindi, l'aggiunta di un secondo asse y viene comunque effettuata, e secondo me ggplot dovrebbe aiutare a farlo.
Stingery,

58
Incredibile come parole indiscutibilmente come "imperfetto" e "modo giusto" vengano lanciate come se non fossero basate su una teoria che è in sé piuttosto supponente e dogmatica, ma è accettata senza pensarci da troppe persone, come si può vedere da il fatto che questa risposta del tutto inutile (che genera un link-bone) ha 72 voti al momento della stesura. Confrontando le serie storiche , ad esempio, può essere prezioso avere entrambi sullo stesso grafico, poiché la correlazione delle differenze è molto più facile da individuare. Basta chiedere alle migliaia di professionisti della finanza altamente istruiti che lo fanno tutto il giorno ogni giorno.
Thomas Browne,

149

In ggplot2 non è possibile perché credo che i grafici con scale y separate (non scale y che sono trasformazioni reciproche) siano fondamentalmente imperfetti. Alcuni problemi:

  • Non sono invertibili: dato un punto sullo spazio grafico, non è possibile mapparlo in modo univoco su un punto nello spazio dati.

  • Sono relativamente difficili da leggere correttamente rispetto ad altre opzioni. Vedi uno studio sui grafici di dati su doppia scala di Petra Isenberg, Anastasia Bezerianos, Pierre Dragicevic e Jean-Daniel Fekete per i dettagli.

  • Sono facilmente manipolabili per indurre in errore: non esiste un modo unico per specificare le scale relative degli assi, lasciandole aperte alla manipolazione. Due esempi dal blog di Junkcharts: uno , due

  • Sono arbitrari: perché hanno solo 2 scale, non 3, 4 o dieci?

Potresti anche leggere la lunga discussione di Stephen Few sull'argomento Gli assi a doppia scala nei grafici sono mai la soluzione migliore? .


39
Ti dispiacerebbe elaborare la tua opinione? Non essendo illuminato, penso che sia un modo piuttosto compatto di tracciare due variabili indipendenti. È anche una caratteristica che sembra essere richiesta ed è ampiamente utilizzata.
KarlP,

66
@hadley: Principalmente sono d'accordo, ma esiste un uso autentico per più scale y - l'uso di 2 unità diverse per gli stessi dati, ad esempio, scale Celsius e Fahrenheit su serie temporali di temperatura.
Richie Cotton,

11
@Hadley Secondo te. Non nel mio, né in molti altri scienziati. Sicuramente questo può essere ottenuto inserendo una seconda trama (con uno sfondo completamente trasparente) direttamente sopra la prima, in modo che appaiano come una. Semplicemente non so come garantire che gli angoli del boxex delimitante siano allineati / registrati l'uno con l'altro.
Nicholas Hamilton,

8
@hadley Ad esempio, nei diagrammi climatici di Walther-Lieth , vengono comunemente usati due assi y. Poiché esiste una prescrizione fissa su come fare che la possibile confusione sia minima ...
sebschub

32
@hadley Mi dispiace, non vedo ciò che è problematico con il diagramma del clima dato. Mettendo la temperatura e le precipitazioni in un diagramma (con la prescrizione fissa), si capisce subito se si tratta di un clima umido o arido. O il modo per aggirare: quale sarebbe un modo migliore per visualizzare la temperatura, le precipitazioni e la loro "relazione"? Comunque, grazie mille per il tuo lavoro in ggplot2!
sebschub,

121

A partire da ggplot2 2.2.0 è possibile aggiungere un asse secondario come questo (preso dall'annuncio ggplot2 2.2.0 ):

ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + 
  geom_point() + 
  scale_y_continuous(
    "mpg (US)", 
    sec.axis = sec_axis(~ . * 1.20, name = "mpg (UK)")
  )

inserisci qui la descrizione dell'immagine


25
Il rovescio della medaglia è che può utilizzare solo una trasformazione della formula degli assi correnti, non una nuova variabile, ad esempio.
discipulus,

41

Prendendo le risposte sopra e alcuni perfezionamenti (e per tutto ciò che vale), ecco un modo per raggiungere due scale tramite sec_axis:

Supponiamo un set di dati semplice (e puramente fittizio) dt: per cinque giorni, tiene traccia del numero di interruzioni VS produttività:

        when numinter prod
1 2018-03-20        1 0.95
2 2018-03-21        5 0.50
3 2018-03-23        4 0.70
4 2018-03-24        3 0.75
5 2018-03-25        4 0.60

(gli intervalli di entrambe le colonne differiscono di circa il fattore 5).

Il codice seguente disegna entrambe le serie che utilizzano l'intero asse y:

ggplot() + 
  geom_bar(mapping = aes(x = dt$when, y = dt$numinter), stat = "identity", fill = "grey") +
  geom_line(mapping = aes(x = dt$when, y = dt$prod*5), size = 2, color = "blue") + 
  scale_x_date(name = "Day", labels = NULL) +
  scale_y_continuous(name = "Interruptions/day", 
    sec.axis = sec_axis(~./5, name = "Productivity % of best", 
      labels = function(b) { paste0(round(b * 100, 0), "%")})) + 
  theme(
      axis.title.y = element_text(color = "grey"),
      axis.title.y.right = element_text(color = "blue"))

Ecco il risultato (sopra il codice + alcune modifiche al colore):

due scale in una ggplot2

Il punto (oltre a usare sec_axisquando si specifica y_scale è quello di moltiplicare ogni valore della 2a serie di dati con 5 quando si specifica la serie. Per ottenere le etichette proprio nella definizione sec_axis, è quindi necessario dividere per 5 (e formattazione). una parte cruciale nel codice sopra è proprio *5nella geom_line e ~./5nella sec_axis (una formula che divide il valore corrente .per 5).

In confronto (non voglio giudicare gli approcci qui), ecco come appaiono due grafici uno sopra l'altro:

due grafici uno sopra l'altro

Puoi giudicare da solo quale persona trasporta meglio il messaggio ("Non disturbare le persone al lavoro!"). Immagino che sia un modo giusto per decidere.

Il codice completo per entrambe le immagini (non è molto più di quanto sopra, è solo completo e pronto per l'esecuzione) è qui: https://gist.github.com/sebastianrothbucher/de847063f32fdff02c83b75f59c36a7d una spiegazione più dettagliata qui: https: // sebastianrothbucher. github.io/datascience/r/visualization/ggplot/2018/03/24/two-scales-ggplot-r.html


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Esistono casi d'uso comuni di duelli e assi, ad esempio il climatografo che mostra la temperatura mensile e le precipitazioni. Ecco una soluzione semplice, generalizzata dalla soluzione di Megatron, che consente di impostare il limite inferiore delle variabili su qualcosa di diverso da zero:

Dati di esempio:

climate <- tibble(
  Month = 1:12,
  Temp = c(-4,-4,0,5,11,15,16,15,11,6,1,-3),
  Precip = c(49,36,47,41,53,65,81,89,90,84,73,55)
  )

Impostare i seguenti due valori su valori vicini ai limiti dei dati (è possibile giocare con questi per regolare le posizioni dei grafici; gli assi saranno comunque corretti):

ylim.prim <- c(0, 180)   # in this example, precipitation
ylim.sec <- c(-4, 18)    # in this example, temperature

Quanto segue effettua i calcoli necessari in base a questi limiti e realizza la trama stessa:

b <- diff(ylim.prim)/diff(ylim.sec)
a <- b*(ylim.prim[1] - ylim.sec[1])

ggplot(climate, aes(Month, Precip)) +
  geom_col() +
  geom_line(aes(y = a + Temp*b), color = "red") +
  scale_y_continuous("Precipitation", sec.axis = sec_axis(~ (. - a)/b, name = "Temperature")) +
  scale_x_continuous("Month", breaks = 1:12) +
  ggtitle("Climatogram for Oslo (1961-1990)")  

Climatogramma che mostra la temperatura come linea e le precipitazioni come grafico a barre

Se vuoi assicurarti che la linea rossa corrisponda all'asse y destro, puoi aggiungere una themefrase al codice:

ggplot(climate, aes(Month, Precip)) +
  geom_col() +
  geom_line(aes(y = a + Temp*b), color = "red") +
  scale_y_continuous("Precipitation", sec.axis = sec_axis(~ (. - a)/b, name = "Temperature")) +
  scale_x_continuous("Month", breaks = 1:12) +
  theme(axis.line.y.right = element_line(color = "red"), 
        axis.ticks.y.right = element_line(color = "red"),
        axis.text.y.right = element_text(color = "red"), 
        axis.title.y.right = element_text(color = "red")
        ) +
  ggtitle("Climatogram for Oslo (1961-1990)")

che colora l'asse destro:

Climatogramma con asse rosso destro


Questo si interrompe ad alcuni valori di ylim.prime ylim.sec.
Eric Krantz,

5
Questo è fantastico Un bell'esempio di quando i grafici a due assi non sono "imperfetti". Parte della generale mentalità ordinata del pensare di sapere di più sul tuo lavoro di te.
Leo Barlach,

Quando scelgo limiti di assi specifici (nel mio caso ylim.prim <- c (90, 130) e ylim.sec <- c (15, 30)) non lo applica ma sceglie limiti arbitrari, incasinando tutte le scale . Non sono sicuro di cosa mi manchi mentre copio il codice sopra e ho appena cambiato i nomi delle variabili e i limiti degli assi
Anke,

@anke: il testo è piuttosto sciatto quando si riferisce a ylim.prim e ylim.sec. Non si riferiscono ai limiti dell'asse, ma piuttosto ai limiti dei dati. Quando si imposta ylim.prim <- c (90, 130) e ylim.sec <- c (15, 30) come menzionato, il grafico della temperatura finisce in alto sopra il grafico a barre (poiché l'asse della temperatura inizia a -75) , ma gli assi per ciascun grafico sono ancora corretti.
Dag Hjermann,

16

È possibile creare un fattore di ridimensionamento che viene applicato al secondo geom e all'asse y destro. Questo deriva dalla soluzione di Sebastian.

library(ggplot2)

scaleFactor <- max(mtcars$cyl) / max(mtcars$hp)

ggplot(mtcars, aes(x=disp)) +
  geom_smooth(aes(y=cyl), method="loess", col="blue") +
  geom_smooth(aes(y=hp * scaleFactor), method="loess", col="red") +
  scale_y_continuous(name="cyl", sec.axis=sec_axis(~./scaleFactor, name="hp")) +
  theme(
    axis.title.y.left=element_text(color="blue"),
    axis.text.y.left=element_text(color="blue"),
    axis.title.y.right=element_text(color="red"),
    axis.text.y.right=element_text(color="red")
  )

inserisci qui la descrizione dell'immagine

Nota: utilizzando ggplot2 v3.0.0


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La spina dorsale tecnica alla soluzione di questa sfida è stata fornita da Kohske circa 3 anni fa [ KOHSKE ]. L'argomento e i tecnicismi intorno alla sua soluzione sono stati discussi in diversi casi qui su Stackoverflow [ID: 18989001, 29235405, 21026598]. Quindi fornirò solo una variazione specifica e alcune spiegazioni esplicative, usando le soluzioni sopra.

Supponiamo di avere alcuni dati y1 nel gruppo G1 a cui alcuni dati y2 nel gruppo G2 sono in qualche modo correlati, ad esempio intervallo / scala trasformati o con aggiunta di rumore. Quindi uno vuole tracciare i dati insieme su un grafico con la scala di y1 a sinistra e y2 a destra.

  df <- data.frame(item=LETTERS[1:n],  y1=c(-0.8684, 4.2242, -0.3181, 0.5797, -0.4875), y2=c(-5.719, 205.184, 4.781, 41.952, 9.911 )) # made up!

> df
  item      y1         y2
1    A -0.8684 -19.154567
2    B  4.2242 219.092499
3    C -0.3181  18.849686
4    D  0.5797  46.945161
5    E -0.4875  -4.721973

Se ora tracciamo i nostri dati insieme a qualcosa del genere

ggplot(data=df, aes(label=item)) +
  theme_bw() + 
  geom_segment(aes(x='G1', xend='G2', y=y1, yend=y2), color='grey')+
  geom_text(aes(x='G1', y=y1), color='blue') +
  geom_text(aes(x='G2', y=y2), color='red') +
  theme(legend.position='none', panel.grid=element_blank())

non si allinea bene quando la scala minore y1 viene visibilmente collassata dalla scala maggiore y2 .

Il trucco qui per affrontare la sfida è quello di tracciare tecnicamente entrambi i set di dati sulla prima scala y1 ma riportare la seconda su un asse secondario con etichette che mostrano la scala originale y2 .

Quindi costruiamo una prima funzione di aiuto CalcFudgeAxis che calcola e raccoglie le caratteristiche del nuovo asse da mostrare. La funzione può essere modificata a piacimento degli ayones (questa mappa mappa y2 nell'intervallo di y1 ).

CalcFudgeAxis = function( y1, y2=y1) {
  Cast2To1 = function(x) ((ylim1[2]-ylim1[1])/(ylim2[2]-ylim2[1])*x) # x gets mapped to range of ylim2
  ylim1 <- c(min(y1),max(y1))
  ylim2 <- c(min(y2),max(y2))    
  yf <- Cast2To1(y2)
  labelsyf <- pretty(y2)  
  return(list(
    yf=yf,
    labels=labelsyf,
    breaks=Cast2To1(labelsyf)
  ))
}

cosa produce un po ':

> FudgeAxis <- CalcFudgeAxis( df$y1, df$y2 )

> FudgeAxis
$yf
[1] -0.4094344  4.6831656  0.4029175  1.0034664 -0.1009335

$labels
[1] -50   0  50 100 150 200 250

$breaks
[1] -1.068764  0.000000  1.068764  2.137529  3.206293  4.275058  5.343822


> cbind(df, FudgeAxis$yf)
  item      y1         y2 FudgeAxis$yf
1    A -0.8684 -19.154567   -0.4094344
2    B  4.2242 219.092499    4.6831656
3    C -0.3181  18.849686    0.4029175
4    D  0.5797  46.945161    1.0034664
5    E -0.4875  -4.721973   -0.1009335

Ora ho avvolto la soluzione di Kohske nella seconda funzione di supporto PlotWithFudgeAxis (in cui lanciamo l'oggetto ggplot e l'oggetto helper del nuovo asse):

library(gtable)
library(grid)

PlotWithFudgeAxis = function( plot1, FudgeAxis) {
  # based on: https://rpubs.com/kohske/dual_axis_in_ggplot2
  plot2 <- plot1 + with(FudgeAxis, scale_y_continuous( breaks=breaks, labels=labels))

  #extract gtable
  g1<-ggplot_gtable(ggplot_build(plot1))
  g2<-ggplot_gtable(ggplot_build(plot2))

  #overlap the panel of the 2nd plot on that of the 1st plot
  pp<-c(subset(g1$layout, name=="panel", se=t:r))
  g<-gtable_add_grob(g1, g2$grobs[[which(g2$layout$name=="panel")]], pp$t, pp$l, pp$b,pp$l)

  ia <- which(g2$layout$name == "axis-l")
  ga <- g2$grobs[[ia]]
  ax <- ga$children[[2]]
  ax$widths <- rev(ax$widths)
  ax$grobs <- rev(ax$grobs)
  ax$grobs[[1]]$x <- ax$grobs[[1]]$x - unit(1, "npc") + unit(0.15, "cm")
  g <- gtable_add_cols(g, g2$widths[g2$layout[ia, ]$l], length(g$widths) - 1)
  g <- gtable_add_grob(g, ax, pp$t, length(g$widths) - 1, pp$b)

  grid.draw(g)
}

Ora tutti possono essere messi insieme: sotto il codice mostra come la soluzione proposta potrebbe essere utilizzata in un ambiente quotidiano . La chiamata plot ora non traccia più i dati originali y2 ma una versione clonata yf (mantenuta all'interno dell'oggetto helper pre-calcolato FudgeAxis ), che corre della scala di y1 . L'oggetto originale ggplot viene quindi manipolato con la funzione di aiuto di Kohske PlotWithFudgeAxis per aggiungere un secondo asse preservando le scale di y2 . Trama anche la trama manipolata.

FudgeAxis <- CalcFudgeAxis( df$y1, df$y2 )

tmpPlot <- ggplot(data=df, aes(label=item)) +
      theme_bw() + 
      geom_segment(aes(x='G1', xend='G2', y=y1, yend=FudgeAxis$yf), color='grey')+
      geom_text(aes(x='G1', y=y1), color='blue') +
      geom_text(aes(x='G2', y=FudgeAxis$yf), color='red') +
      theme(legend.position='none', panel.grid=element_blank())

PlotWithFudgeAxis(tmpPlot, FudgeAxis)

Questo ora traccia come desiderato con due assi, y1 a sinistra e y2 a destra

2 assi

La soluzione sopra è, per dirla con chiarezza, un trucco limitato traballante. Mentre gioca con il kernel ggplot, emetterà alcuni avvertimenti che scambiamo scale post-fact-fact, ecc. Deve essere gestito con cura e potrebbe produrre un comportamento indesiderato in un'altra impostazione. Inoltre potrebbe essere necessario giocherellare con le funzioni di aiuto per ottenere il layout desiderato. Il posizionamento della legenda è un tale problema (sarebbe posizionato tra il pannello e il nuovo asse; ecco perché l'ho lasciato cadere). Anche il ridimensionamento / allineamento del 2 asse è un po 'impegnativo: il codice sopra funziona bene quando entrambe le scale contengono lo "0", altrimenti un asse viene spostato. Quindi sicuramente con alcune opportunità per migliorare ...

Nel caso in cui si desideri salvare l'immagine, è necessario avvolgere la chiamata nel dispositivo di apertura / chiusura:

png(...)
PlotWithFudgeAxis(tmpPlot, FudgeAxis)
dev.off()

9

Il seguente articolo mi ha aiutato a combinare due grafici generati da ggplot2 su una singola riga:

Grafici multipli su una pagina (ggplot2) di Cookbook per R

Ed ecco come potrebbe apparire il codice in questo caso:

p1 <- 
  ggplot() + aes(mns)+ geom_histogram(aes(y=..density..), binwidth=0.01, colour="black", fill="white") + geom_vline(aes(xintercept=mean(mns, na.rm=T)), color="red", linetype="dashed", size=1) +  geom_density(alpha=.2)

p2 <- 
  ggplot() + aes(mns)+ geom_histogram( binwidth=0.01, colour="black", fill="white") + geom_vline(aes(xintercept=mean(mns, na.rm=T)), color="red", linetype="dashed", size=1)  

multiplot(p1,p2,cols=2)

Cosa è successo alla funzione multiplot? Ottengo un errore che non è stato possibile trovare la funzione, nonostante il fatto che abbia installato e caricato la libreria ggplot2.
Nneka,

1
@Danka La funzione multiplot è una funzione personalizzata (nella parte inferiore della pagina collegata).
Dribbel,

Puoi aggiungere la trama?
Sibo Jiang,

Di recente, ci sono molti pacchetti che hanno più opzioni / funzionalità rispetto a multiplot stackoverflow.com/a/51220506
Tung

7

Per me la parte difficile era capire la funzione di trasformazione tra i due assi. Ho usato myCurveFit per questo.

> dput(combined_80_8192 %>% filter (time > 270, time < 280))
structure(list(run = c(268L, 268L, 268L, 268L, 268L, 268L, 268L, 
268L, 268L, 268L, 263L, 263L, 263L, 263L, 263L, 263L, 263L, 263L, 
263L, 263L, 269L, 269L, 269L, 269L, 269L, 269L, 269L, 269L, 269L, 
269L, 261L, 261L, 261L, 261L, 261L, 261L, 261L, 261L, 261L, 261L, 
267L, 267L, 267L, 267L, 267L, 267L, 267L, 267L, 267L, 267L, 265L, 
265L, 265L, 265L, 265L, 265L, 265L, 265L, 265L, 265L, 266L, 266L, 
266L, 266L, 266L, 266L, 266L, 266L, 266L, 266L, 262L, 262L, 262L, 
262L, 262L, 262L, 262L, 262L, 262L, 262L, 264L, 264L, 264L, 264L, 
264L, 264L, 264L, 264L, 264L, 264L, 260L, 260L, 260L, 260L, 260L, 
260L, 260L, 260L, 260L, 260L), repetition = c(8L, 8L, 8L, 8L, 
8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 
9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 7L, 5L, 5L, 
5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 6L, 
6L, 6L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 4L, 4L, 4L, 4L, 
4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 4L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), module = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L), .Label = "scenario.node[0].nicVLCTail.phyVLC", class = "factor"), 
    configname = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 
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    2.6468895519653e-28, 3.9807779074715e-20, 1.0849324265615e-15, 
    2.5705217057696e-05, 4.7313805615763e-08, 1.8800438086075e-12, 
    0.00021005320203921, 1.9147343768384e-06, 8.8808636558081e-24, 
    3.0694773489537e-27, 2.6468895519653e-28, 3.9807779074715e-20, 
    1.0849324265615e-15, 2.5705217057696e-05, 4.7223753038869e-08, 
    1.8800438086075e-12, 0.00021005320203921, 1.9171738578051e-06, 
    8.8229427230445e-24, 3.9715925056443e-27, 2.6045198111088e-28, 
    3.9014083702734e-20, 1.0342658440386e-15, 0.00019591630514278, 
    6.4692014108683e-08, 1.8600094209271e-12, 0.0002140067535655, 
    1.9074922485477e-06, 8.7096574467175e-24, 4.2779443633862e-27, 
    2.5231916788231e-28, 3.5761615214425e-20, 1.9750692814982e-12, 
    0.0001960392878411, 1.9748966344895e-06, 1.7515881895994e-12, 
    2.2078334799411e-06, 1.8649940680806e-06, 8.954486301678e-24, 
    3.2021085732779e-25, 2.690441113724e-28, 4.0627628846548e-20, 
    1.1134484878561e-15, 2.6061691733331e-05, 4.777159157954e-08, 
    9.4891388749738e-16, 0.00020359398491544, 1.9542110660398e-06, 
    8.8229427230445e-24, 3.9715925056443e-27, 2.6045198111088e-28, 
    3.8819641115984e-20, 1.0237769828158e-15, 0.00019562832342849, 
    6.4455095380046e-08, 1.8468752030971e-12, 0.0010099091367628, 
    1.9051035165106e-06, 8.8085966897635e-24, 3.9715925056443e-27, 
    2.594108048185e-28, 3.8819641115984e-20, 1.0237769828158e-15, 
    0.00019562832342849, 6.4455095380046e-08, 1.8468752030971e-12, 
    0.0010088638355194, 1.9051035165106e-06, 8.7096574467175e-24, 
    4.2987746909572e-27, 2.5231916788231e-28, 3.593647329558e-20, 
    1.9750692814982e-12, 0.00019705170257492, 1.9748966344895e-06, 
    1.7515881895994e-12, 2.1868296425817e-06, 1.8649940680806e-06, 
    8.7517439682173e-24, 4.3621551072316e-27, 2.553168170837e-28, 
    3.6469582463164e-20, 1.0032983660212e-15, 0.00019385229409318, 
    1.9830820164805e-06, 1.7760568361323e-12, 2.919419915209e-05, 
    1.8741284335866e-06, 2.8285944348148e-25, 4.1960751547207e-27, 
    7.8468215407139e-29, 8.0407329049747e-16, 1.9380328071065e-12, 
    0.00020004849911333, 1.9393279417733e-06, 5.9354475879597e-10, 
    6.4258355913627e-10, 2.6065221215415e-05), ookSnrBer = c(8.8808636558081e-24, 
    3.2219795637026e-27, 2.6468895519653e-28, 3.9807779074715e-20, 
    1.0849324265615e-15, 2.5705217057696e-05, 4.7313805615763e-08, 
    1.8800438086075e-12, 0.00021005320203921, 1.9147343768384e-06, 
    8.8808636558081e-24, 3.0694773489537e-27, 2.6468895519653e-28, 
    3.9807779074715e-20, 1.0849324265615e-15, 2.5705217057696e-05, 
    4.7223753038869e-08, 1.8800438086075e-12, 0.00021005320203921, 
    1.9171738578051e-06, 8.8229427230445e-24, 3.9715925056443e-27, 
    2.6045198111088e-28, 3.9014083702734e-20, 1.0342658440386e-15, 
    0.00019591630514278, 6.4692014108683e-08, 1.8600094209271e-12, 
    0.0002140067535655, 1.9074922485477e-06, 8.7096574467175e-24, 
    4.2779443633862e-27, 2.5231916788231e-28, 3.5761615214425e-20, 
    1.9750692814982e-12, 0.0001960392878411, 1.9748966344895e-06, 
    1.7515881895994e-12, 2.2078334799411e-06, 1.8649940680806e-06, 
    8.954486301678e-24, 3.2021085732779e-25, 2.690441113724e-28, 
    4.0627628846548e-20, 1.1134484878561e-15, 2.6061691733331e-05, 
    4.777159157954e-08, 9.4891388749738e-16, 0.00020359398491544, 
    1.9542110660398e-06, 8.8229427230445e-24, 3.9715925056443e-27, 
    2.6045198111088e-28, 3.8819641115984e-20, 1.0237769828158e-15, 
    0.00019562832342849, 6.4455095380046e-08, 1.8468752030971e-12, 
    0.0010099091367628, 1.9051035165106e-06, 8.8085966897635e-24, 
    3.9715925056443e-27, 2.594108048185e-28, 3.8819641115984e-20, 
    1.0237769828158e-15, 0.00019562832342849, 6.4455095380046e-08, 
    1.8468752030971e-12, 0.0010088638355194, 1.9051035165106e-06, 
    8.7096574467175e-24, 4.2987746909572e-27, 2.5231916788231e-28, 
    3.593647329558e-20, 1.9750692814982e-12, 0.00019705170257492, 
    1.9748966344895e-06, 1.7515881895994e-12, 2.1868296425817e-06, 
    1.8649940680806e-06, 8.7517439682173e-24, 4.3621551072316e-27, 
    2.553168170837e-28, 3.6469582463164e-20, 1.0032983660212e-15, 
    0.00019385229409318, 1.9830820164805e-06, 1.7760568361323e-12, 
    2.919419915209e-05, 1.8741284335866e-06, 2.8285944348148e-25, 
    4.1960751547207e-27, 7.8468215407139e-29, 8.0407329049747e-16, 
    1.9380328071065e-12, 0.00020004849911333, 1.9393279417733e-06, 
    5.9354475879597e-10, 6.4258355913627e-10, 2.6065221215415e-05
    )), class = "data.frame", row.names = c(NA, -100L), .Names = c("run", 
"repetition", "module", "configname", "packetByteLength", "numVehicles", 
"dDistance", "time", "distanceToTx", "headerNoError", "receivedPower_dbm", 
"snr", "frameId", "packetOkSinr", "snir", "ookSnirBer", "ookSnrBer"
))

Trovare la funzione di trasformazione

  1. y1 -> y2 Questa funzione viene utilizzata per trasformare i dati dell'asse y secondario in "normalizzati" in base al primo asse y

inserisci qui la descrizione dell'immagine

funzione di trasformazione: f(y1) = 0.025*x + 2.75


  1. y2 -> y1 Questa funzione viene utilizzata per trasformare i punti di interruzione del primo asse y nei valori del secondo asse y. Si noti che gli assi vengono scambiati ora.

inserisci qui la descrizione dell'immagine

funzione di trasformazione: f(y1) = 40*x - 110


plotting

Nota come le funzioni di trasformazione vengono utilizzate nella ggplotchiamata per trasformare i dati "al volo"

ggplot(data=combined_80_8192 %>% filter (time > 270, time < 280), aes(x=time) ) +
  stat_summary(aes(y=receivedPower_dbm ), fun.y=mean, geom="line", colour="black") +
  stat_summary(aes(y=packetOkSinr*40 - 110 ), fun.y=mean, geom="line", colour="black", position = position_dodge(width=10)) +
  scale_x_continuous() +
  scale_y_continuous(breaks = seq(-0,-110,-10), "y_first", sec.axis=sec_axis(~.*0.025+2.75, name="y_second") ) 

La prima stat_summarychiamata è quella che imposta la base per il primo asse y. La seconda stat_summarychiamata viene chiamata per trasformare i dati. Ricorda che tutti i dati prenderanno come base il primo asse y. Pertanto, è necessario normalizzare i dati per il primo asse y. Per fare ciò uso la funzione di trasformazione sui dati:y=packetOkSinr*40 - 110

Ora per trasformare il secondo asse uso la funzione opposta all'interno della scale_y_continuouschiamata: sec.axis=sec_axis(~.*0.025+2.75, name="y_second").

inserisci qui la descrizione dell'immagine


2
R può fare questo genere di cose, coef(lm(c(-70, -110) ~ c(1,0)))e coef(lm(c(1,0) ~ c(-70, -110))). È possibile definire una funzione di supporto come equationise <- function(range = c(-70, -110), target = c(1,0)){ c = coef(lm(target ~ range)) as.formula(substitute(~ a*. + b, list(a=c[[2]], b=c[[1]]))) }
baptiste

sì, lo so ... ho pensato che il sito sarebbe stato più intuitivo
user4786271

4

Abbiamo sicuramente potuto costruire una trama con Dual Y-axises utilizzando base di R funtion plot.

# pseudo dataset
df <- data.frame(x = seq(1, 1000, 1), y1 = sample.int(100, 1000, replace=T), y2 = sample(50, 1000, replace = T))

# plot first plot 
with(df, plot(y1 ~ x, col = "red"))

# set new plot
par(new = T) 

# plot second plot, but without axis
with(df, plot(y2 ~ x, type = "l", xaxt = "n", yaxt = "n", xlab = "", ylab = ""))

# define y-axis and put y-labs
axis(4)
with(df, mtext("y2", side = 4))

1

È possibile utilizzare facet_wrap(~ variable, ncol= )una variabile per creare un nuovo confronto. Non è sullo stesso asse, ma è simile.


1

Riconosco e concordo con Hadley (e altri), che scale y separate sono "fondamentalmente imperfette". Detto questo - spesso vorrei ggplot2avere la funzione - in particolare, quando i dati sono in grande formato e desidero rapidamente visualizzare o controllare i dati (cioè solo per uso personale).

Mentre la tidyverselibreria rende abbastanza facile convertire i dati in formato lungo (tale che facet_grid()funzionerà), il processo non è ancora banale, come visto di seguito:

library(tidyverse)
df.wide %>%
    # Select only the columns you need for the plot.
    select(date, column1, column2, column3) %>%
    # Create an id column – needed in the `gather()` function.
    mutate(id = n()) %>%
    # The `gather()` function converts to long-format. 
    # In which the `type` column will contain three factors (column1, column2, column3),
    # and the `value` column will contain the respective values.
    # All the while we retain the `id` and `date` columns.
    gather(type, value, -id, -date) %>%
    # Create the plot according to your specifications
    ggplot(aes(x = date, y = value)) +
        geom_line() +
        # Create a panel for each `type` (ie. column1, column2, column3).
        # If the types have different scales, you can use the `scales="free"` option.
        facet_grid(type~., scales = "free")

Al momento della stesura di questo documento, ggplot2 lo supportava già tramite sec_axis.
Konrad Rudolph,

0

La risposta di Hadley fornisce un interessante riferimento al rapporto di Stephen Few. Gli assi a doppia scala nei grafici sono mai la soluzione migliore? .

Non so che cosa significhi l'OP con "conteggi" e "valutazione", ma una rapida ricerca mi dà conteggi e tariffe , quindi ottengo alcuni dati sugli incidenti in alpinismo nordamericano 1 :

Years<-c("1998","1999","2000","2001","2002","2003","2004")
Persons.Involved<-c(281,248,301,276,295,231,311)
Fatalities<-c(20,17,24,16,34,18,35)
rate=100*Fatalities/Persons.Involved
df<-data.frame(Years=Years,Persons.Involved=Persons.Involved,Fatalities=Fatalities,rate=rate)
print(df,row.names = FALSE)

 Years Persons.Involved Fatalities      rate
  1998              281         20  7.117438
  1999              248         17  6.854839
  2000              301         24  7.973422
  2001              276         16  5.797101
  2002              295         34 11.525424
  2003              231         18  7.792208
  2004              311         35 11.254019

E poi ho provato a fare il grafico come pochi hanno suggerito alla pagina 7 del rapporto di cui sopra (e in seguito alla richiesta di OP di rappresentare graficamente i conteggi come grafico a barre e le tariffe come grafico lineare):

L'altra soluzione meno ovvia, che funziona solo per le serie temporali, è convertire tutti gli insiemi di valori in una scala quantitativa comune visualizzando le differenze percentuali tra ciascun valore e un valore di riferimento (o indice). Ad esempio, selezionare un particolare momento, ad esempio il primo intervallo visualizzato nel grafico ed esprimere ogni valore successivo come differenza percentuale tra esso e il valore iniziale. Questo viene fatto dividendo il valore in ciascun punto nel tempo per il valore per il punto iniziale nel tempo e quindi moltiplicandolo per 100 per convertire il tasso in una percentuale, come illustrato di seguito.

df2<-df
df2$Persons.Involved <- 100*df$Persons.Involved/df$Persons.Involved[1]
df2$rate <- 100*df$rate/df$rate[1]
plot(ggplot(df2)+
  geom_bar(aes(x=Years,weight=Persons.Involved))+
  geom_line(aes(x=Years,y=rate,group=1))+
  theme(text = element_text(size=30))
  )

E questo è il risultato: inserisci qui la descrizione dell'immagine

Ma non mi piace molto e non sono in grado di inserire facilmente una leggenda ...

1 WILLIAMSON, Jed, et al. Incidenti in alpinismo nordamericano 2005. The Mountaineers Books, 2005.


0

Sembra che sia una domanda semplice ma oscilla intorno a 2 domande fondamentali. A) Come gestire i dati multi-scalari durante la presentazione in un grafico comparativo e, in secondo luogo, B) se ciò può essere fatto senza alcune pratiche delle regole del pollice della programmazione R come i) fusione dei dati, ii) sfaccettatura, iii) aggiunta un altro livello a quello esistente. La soluzione fornita di seguito soddisfa entrambe le condizioni di cui sopra poiché tratta i dati senza doverli ridimensionare e, in secondo luogo, le tecniche menzionate non vengono utilizzate.

Ecco il risultato, meglio e migliorato

Per coloro che sono interessati a saperne di più su questo metodo, si prega di seguire il link qui sotto. Come tracciare un grafico a 2 assi con barre affiancate senza ridimensionare i dati


0

Ho trovato che questa risposta mi ha aiutato di più, ma ho scoperto che c'erano alcuni casi limite che non sembravano gestire correttamente, in particolare casi negativi, e anche il caso in cui i miei limiti avessero una distanza pari a 0 (che può accadere se stiamo afferrando i nostri limiti da max / min di dati). I test sembrano indicare che questo funziona in modo coerente

Io uso il seguente codice. Qui presumo che abbiamo [x1, x2] che vogliamo trasformare in [y1, y2]. Il modo in cui ho gestito questo è stato quello di trasformare [x1, x2] in [0,1] (una trasformazione abbastanza semplice), quindi [0,1] in [y1, y2].

climate <- tibble(
  Month = 1:12,
  Temp = c(-4,-4,0,5,11,15,16,15,11,6,1,-3),
  Precip = c(49,36,47,41,53,65,81,89,90,84,73,55)
)
#Set the limits of each axis manually:

  ylim.prim <- c(0, 180)   # in this example, precipitation
ylim.sec <- c(-4, 18)    # in this example, temperature



  b <- diff(ylim.sec)/diff(ylim.prim)

#If all values are the same this messes up the transformation, so we need to modify it here
if(b==0){
  ylim.sec <- c(ylim.sec[1]-1, ylim.sec[2]+1)
  b <- diff(ylim.sec)/diff(ylim.prim)
}
if (is.na(b)){
  ylim.prim <- c(ylim.prim[1]-1, ylim.prim[2]+1)
  b <- diff(ylim.sec)/diff(ylim.prim)
}


ggplot(climate, aes(Month, Precip)) +
  geom_col() +
  geom_line(aes(y = ylim.prim[1]+(Temp-ylim.sec[1])/b), color = "red") +
  scale_y_continuous("Precipitation", sec.axis = sec_axis(~((.-ylim.prim[1]) *b  + ylim.sec[1]), name = "Temperature"), limits = ylim.prim) +
  scale_x_continuous("Month", breaks = 1:12) +
  ggtitle("Climatogram for Oslo (1961-1990)")  

Le parti chiave qui sono che trasformiamo l'asse y secondario con ~((.-ylim.prim[1]) *b + ylim.sec[1])e quindi applichiamo l'inverso ai valori effettivi y = ylim.prim[1]+(Temp-ylim.sec[1])/b). Dovremmo anche assicurarlo limits = ylim.prim.

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