Durante l'installazione di rJava utilizzando il install.packages("rJava")comando ottengo il seguente errore:

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

Ho installato Java JDK e java -versionrestituisco quanto segue:

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

Quando cerco l'errore su Google, vedo che altri hanno lo stesso problema ma non trovano una soluzione diversa da "installa l'intero JDK, non solo il JRE" che ho fatto.

L'altra cosa che ho letto è stata eseguire sudo R CMD javareconfche funziona abbastanza felicemente senza errori.

Qualche idea su quale sia il mio problema?

[[EDIT]] Sono passati alcuni mesi da quando ho avuto questo problema. Inizialmente avevo risolto questo problema modificando i miei percorsi Java, come illustrato nella risposta che ho pubblicato di seguito. Recentemente ho riscontrato lo stesso problema su una nuova installazione di Ubuntu. Ho provato la raccomandazione di Dirk di utilizzare apt-get per installare il pacchetto rJava. Ha funzionato perfettamente. Quello che non ho apprezzato inizialmente è che l'installazione di pacchetti utilizzando il metodo apt-get di Ubuntu è fondamentalmente diversa dal semplice caricamento dello stesso pacchetto utilizzando install.packages () all'interno di R. I pacchetti di Ubuntu risolvono alcuni problemi che non avevo realizzato o apprezzato .

non sarebbe

apt-get install r-cran-rjava

è stato più facile? Avresti potuto chiedermelo a useR! :)

Si scopre che il mio problema era un problema con la mia JAVA_HOMEvariabile d'ambiente. Sì, scioccante lo so. La mia impostazione iniziale per PATHe JAVA_HOMEsembrava così:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

E ho aggiunto in /jremodo che ora assomigli a questo:

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

Tutto in Java sembrava funzionare bene senza il /jrema rJava no. Dispari.

Grazie - il tuo suggerimento $JAVA_HOMEmi ha portato a una soluzione simile:

prompt$ unset JAVA_HOME

prima di invocare R.

Ho riscontrato lo stesso problema e ha funzionato dopo aver eseguito i comandi di seguito.

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

Vedere i dettagli su http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Ecco come lo faccio funzionare:

In Linux (Ubuntu 16.04)

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

in R:

install.packages("rJava")

Questo ha funzionato per me su Ubuntu 12.04 e R versione 3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

questa è la directory che ha jni.h

Quindi crea un collegamento software a un altro file di intestazione richiesto (sono troppo pigro per scoprire come includere più di una directory nell'opzione JAVA_CPPFLAGS di seguito):

sudo ln -s linux/jni_md.h .

Finalmente

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

sotto c'è una delle mie risposte su un altro post - errore: impossibile caricare i pacchetti installati in questo momento
questo (anche questo è rilevante per questa domanda)

Per utenti Linux (Ubuntu): se hai installato oracle-java (7/8) . Sarà in questa posizione /usr/lib/jvmesudo è necessario l'accesso.

Crea il file /etc/ld.so.conf.d/java.confcon le seguenti voci:

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

(Sostituisci java-8-oracle con java-7-oracle a seconda della tua versione di java)

Poi:

sudo ldconfig

Riavvia RStudio e quindi installa il pacchetto rJava.

Esecuzione di R sotto Gentoo su un AMD64. Ho aggiornato a R 2.12.0

R versione 2.12.0 (2010-10-15) Copyright (C) 2010 The R Foundation for Statistical Computing ISBN 3-900051-07-0 Piattaforma: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) e quei fastidiosi messaggi sono andati lontano.

Jan Vandermeer

Ho provato a installare openjdk-7- * ma ho ancora avuto problemi con l'installazione di rJava. Dopo aver riavviato il computer, risulta che non ci sono stati problemi.

così

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

Il pacchetto rJava cerca la /usr/lib/jvm/default-java/cartella. Ma non è disponibile come impostazione predefinita. Questa cartella ha un collegamento simbolico per il java predefinito configurato per il sistema.

Per attivare il java predefinito installare i seguenti pacchetti:

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

Testato su ubuntu 17.04 con CRAN R 3.4.1

Quello che ha funzionato per me è stato cambiare JAVA_HOME da file /usr/lib/R/etc/javaconf

Per prima cosa ho verificato qual era la mia versione di Java abilitata: sudo update-alternatives --config java . Nel mio caso, lo erajava-8-oracle

Ho aperto il file /usr/lib/R/etc/javaconfe sostituito default-javada java-8-oracle:

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

sostituito da :

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

E poi sudo R CMD javareconf

Ho riavviato RStudio e ho potuto installare rJava.

quello che faccio è qui:

1. in /etc/apt/sources.list, aggiungi:

   deb http://ftp.de.debian.org/debian sid main

Nota: la rjava dovrebbe essere l'ultima versione

2 eseguire: sudo apt-get update sudo apt-get install r-cran-rjava

Una volta aggiornata la vecchia versione di rjava, è possibile installare rhdfs_1.0.8.

Ho funzionato scaricando: https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz ed eseguendo il comando R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz

Ho riscontrato lo stesso problema durante l'utilizzo di Windows 10. Ho risolto il problema utilizzando la seguente procedura

1. Scarica Java da https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp per Windows a 64 bit \ Installalo
2. Scarica il kit di sviluppo Java da https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html per Windows a 64 bit \ Installalo
3. Quindi fare clic con il pulsante destro del mouse sull'icona "Questo PC" in desktop \ Proprietà \ Impostazioni di sistema avanzate \ Avanzate \ Variabili di ambiente \ In Variabili di sistema selezionare Percorso \ Fare clic su Modifica \ Fare clic su Nuovo \ Copia e incolla i percorsi "C: \ Programmi \ Java \ jdk1 .8.0_201 \ bin "e" C: \ Program Files \ Java \ jre1.8.0_201 \ bin "(senza virgolette) \ OK \ OK \ OK

Nota : jdk1.8.0_201 e jre1.8.0_201 verranno modificati a seconda della versione del kit di sviluppo Java e di Java

4. Nella finestra Variabili d'ambiente vai a Variabili utente per Utente \ Fai clic su Nuovo \ Inserisci nome variabile come "JAVA_HOME" e Valore variabile come "C: \ Programmi \ Java \ jdk1.8.0_201 \ bin" \ Premi OK

Per verificare l'installazione, apri CMD \ Digita javac \ Premi Invio e digita java \ premi invio Verrà visualizzato

In RStudio esegui

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

Nota : jdk1.8.0_201 verrà modificato a seconda della versione del kit di sviluppo Java

Ora puoi installare e caricare il pacchetto rJava senza alcun problema.

Il problema era che rJava non si installava in RStudio( Version 1.0.136). Quanto segue ha funzionato per me ( macOS Sierra version 10.12.6) (trovato qui ):

Passaggio 1: scarica e installa javaforosx.dmgda qui

Passaggio 2: Quindi, eseguire il comando dall'interno di RStudio:

install.packages("rJava", type = 'source')

Ho riscontrato un problema simile su Ubuntu 16.04 e sono riuscito a risolverlo creando una cartella denominata "default-java" in /usr/lib/jvme copiando in essa tutti i contenuti del file /usr/lib/jvm/java-8-oracle. Ho optato per questa soluzione in quanto la correzione della variabile d'ambiente JAVA_HOME si è rivelata inutile.