Correzione di un avviso multiplo "colonna sconosciuta"

Ho un persistente avviso multiplo di "colonna sconosciuta" per tutti i tipi di comandi (ad esempio, str (x) per l'installazione di aggiornamenti sui pacchetti) e non sono sicuro di come eseguire il debug di questo o risolverlo.

L'avvertimento "colonna sconosciuta" è chiaramente correlato a una variabile in un tbl_df che ho rinominato, ma l'avviso compare in tutti i tipi di comandi apparentemente non correlati al tbl_df (ad esempio, l'installazione di aggiornamenti su un pacchetto, str (x) dove x è semplicemente un carattere vettoriale).

Questo è un problema con lo strumento di diagnostica in RStudio (lo strumento che mostra avvisi e possibili errori nel codice). È stato parzialmente corretto a questo commit in RStudio v1.1.103 o successivo da @ kevin-ushey . La correzione è parziale, perché gli avvisi vengono comunque visualizzati (sebbene con meno frequenza). Questo problema è stato segnalato con un esempio riproducibile su https://github.com/rstudio/rstudio/issues/7372 ed è stato risolto sulla richiesta pull di RStudio v1.4 (da rilasciare)

Sono disponibili diverse soluzioni alternative, scegli la soluzione che preferisci:

• Disabilita la diagnostica del codice per tutti i file in Preferenze / Codice / Diagnostica

• Disabilita tutta la diagnostica per un file specifico:

  Aggiungi all'inizio dei file aperti:

   # !diagnostics off

  Quindi salva i file e gli avvisi dovrebbero smettere di apparire.

• Disabilita la diagnostica per le variabili che causano l'avviso

  Aggiungi all'inizio dei file aperti:

   # !diagnostics suppress=<comma-separated list of variables>

  Quindi salva i file e gli avvisi dovrebbero smettere di apparire.

Gli avvisi vengono visualizzati perché lo strumento di diagnostica in RStudio analizza il codice sorgente per rilevare gli errori e quando esegue i controlli diagnostici accede alle colonne del tuo tibble che non sono inizializzate, dando l'avvertimento che vediamo. Gli avvisi non vengono visualizzati perché si eseguono cose non correlate, vengono visualizzati quando viene eseguita la diagnostica RStudio (quando un file viene salvato, quindi modificato, quando si esegue qualcosa ...).

Ho riscontrato lo stesso problema e, anche se non so perché si verifichi, sono stato in grado di individuare quando si verifica e quindi impedire che ciò accada.

Il problema sembra riguardare l'aggiunta in una nuova colonna, derivata dall'indicizzazione, in un frame di dati R di base anziché in un frame di dati tibble. Prendi questo esempio, in cui aggiungi una nuova colonna ( age) a un frame di dati R di base:

base_df <- data.frame(id = c(1:3), name = c("mary", "jill","steve"))

base_df$age[base_df$name == "mary"] <- 47

Funziona senza restituire un avviso. Ma quando lo stesso viene fatto con un tibble, viene emesso un avviso (e, di conseguenza, penso che causi lo strano problema di avviso multiplo, apparentemente non provocato):

library(tibble)

tibble_df <- tibble(id = c(1:3), name = c("mary", "jill","steve"))

tibble_df$age[tibble_df$name == "mary"] <- 47

Warning message:
Unknown column 'age' 

Ci sono sicuramente modi migliori per evitarlo, ma ho scoperto che per prima cosa creare un vettore di NAs fa il lavoro:

tibble_df$age <- NA

tibble_df$age[tibble_df$name == "mary"] <- 47

Ho riscontrato questo problema durante l'utilizzo del pacchetto "dplyr".
Per coloro che affrontano questo problema dopo aver utilizzato la funzione "group_by" nella libreria "dplyr":

Ho scoperto che il raggruppamento delle variabili risolve il problema di avviso della colonna sconosciuta. A volte ho dovuto scorrere più volte il raggruppamento fino a quando il problema non è stato risolto.

La conversione della classe in data.framerisolto il problema per me:

library(dplyr)
df <- data.frame(id = c(1,1:3), name = c("mary", "jo", "jill","steve"))
dfTbl <- df %>%
  group_by(id) %>%
  summarize (n = n())
class(dfTbl) # [1] "tbl_df"     "tbl"        "data.frame"
dfTbl = as.data.frame(dfTbl)
class(dfTbl) # [1] "data.frame"

Preso in prestito lo script parziale da @adts

Ho avuto questo problema quando ho affrontato insieme le funzioni tibble e lapply. Il tibble sembrava salvare le cose come un elenco all'interno del frame di dati.

L'ho risolto usando unlist prima di aggiungere i risultati di una funzione lapply alla tabella.

Mi sono imbattuto anche in questo problema tranne che attraverso una tabella creata usando un blocco dyplyr. Ecco una leggera modifica del codice di Sabre per mostrare come sono arrivato allo stesso errore.

library(dplyr)

df <- data.frame(id = c(1,1:3), name = c("mary", "jo", "jill","steve"))

t <- df %>%
  group_by(id) %>%
  summarize (n = n())

t
str(t)


t$newvar[t$id==1] <- 0

Diciamo che volevo selezionare le seguenti colonne

best.columns = 'id'

Per me quanto segue ha dato l'avvertimento:

df%>% select_(one_of(best.columns))

Mentre questo ha funzionato come previsto, anche se, per quanto ne so dplyr, dovrebbe essere identico.

df%>% select_(.dots = best.columns)

Ricevo questi avvisi quando rinomino una colonna usando dplyr::renamedopo averla letta usando il readrpacchetto.

Il vecchio nome della colonna non viene rinominato specnell'attributo. Quindi la rimozione specdell'attributo fa scomparire gli avvisi. Anche la rimozione della classe "spec_tbl_df" sembra una buona idea.

attr(dat, "spec") <- NULL
class(dat) <- setdiff(class(dat), "spec_tbl_df")