Controlla l'esistenza della directory e crea se non esiste

Mi ritrovo spesso a scrivere script R che generano molto output. Trovo più pulito inserire questo output nella propria directory. Ciò che ho scritto di seguito verificherà l'esistenza di una directory e si sposterà in essa, oppure creerà la directory e quindi si sposterà in essa. C'è un modo migliore per affrontare questo?

mainDir <- "c:/path/to/main/dir"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(subDir)){
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
    setwd(file.path(mainDir, subDir))

}

Utilizzare showWarnings = FALSE:

dir.create(file.path(mainDir, subDir), showWarnings = FALSE)
setwd(file.path(mainDir, subDir))

dir.create()non si arresta in modo anomalo se la directory esiste già, stampa solo un avviso. Quindi, se riesci a convivere con la visualizzazione degli avvisi, non c'è alcun problema nel fare questo:

dir.create(file.path(mainDir, subDir))
setwd(file.path(mainDir, subDir))

A partire dal 16 aprile 2015, con il rilascio di R 3.2.0c'è una nuova funzione chiamata dir.exists(). Per utilizzare questa funzione e creare la directory se non esiste, è possibile utilizzare:

ifelse(!dir.exists(file.path(mainDir, subDir)), dir.create(file.path(mainDir, subDir)), FALSE)

Ciò restituirà FALSEse la directory esiste già o è irraggiungibile e TRUEse non esiste ma è stata creata con successo.

Si noti che per controllare semplicemente se la directory esiste è possibile utilizzare

dir.exists(file.path(mainDir, subDir))

In termini di architettura generale, consiglierei la seguente struttura per quanto riguarda la creazione di directory. Questo coprirà la maggior parte dei potenziali problemi e qualsiasi altro problema relativo alla creazione della directory verrà rilevato dalla dir.createchiamata.

mainDir <- "~"
subDir <- "outputDirectory"

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir and is a directory")
} else if (file.exists(paste(mainDir, subDir, sep = "/", collapse = "/"))) {
    cat("subDir exists in mainDir but is a file")
    # you will probably want to handle this separately
} else {
    cat("subDir does not exist in mainDir - creating")
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
}

if (file.exists(paste(mainDir, subDir, "/", sep = "/", collapse = "/"))) {
    # By this point, the directory either existed or has been successfully created
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    cat("subDir does not exist")
    # Handle this error as appropriate
}

Inoltre, tieni presente che se ~/foonon esiste, la chiamata a dir.create('~/foo/bar')fallirà se non specificato recursive = TRUE.

Ecco il semplice controllo , e crea la directory se non esiste:

## Provide the dir name(i.e sub dir) that you want to create under main dir:
output_dir <- file.path(main_dir, sub_dir)

if (!dir.exists(output_dir)){
dir.create(output_dir)
} else {
    print("Dir already exists!")
}

L'uso di file.exists () per verificare l'esistenza della directory è un problema nel post originale. Se subDir includesse il nome di un file esistente (anziché solo un percorso), file.exists () restituirà VERO, ma la chiamata a setwd () fallirebbe perché non è possibile impostare la directory di lavoro in modo che punti a un file.

Consiglierei l'uso di file_test (op = "- d", subDir), che restituirà "TRUE" se subDir è una directory esistente, ma FALSE se subDir è un file esistente o un file o una directory inesistente. Allo stesso modo, il controllo di un file può essere realizzato con op = "- f".

Inoltre, come descritto in un altro commento, la directory di lavoro fa parte dell'ambiente R e deve essere controllata dall'utente, non da uno script. Idealmente, gli script non dovrebbero modificare l'ambiente R. Per risolvere questo problema, potrei usare options () per memorizzare una directory disponibile a livello globale dove volevo tutto il mio output.

Quindi, considera la seguente soluzione, in cui someUniqueTag è solo un prefisso definito dal programmatore per il nome dell'opzione, il che rende improbabile che esista già un'opzione con lo stesso nome. (Ad esempio, se stavi sviluppando un pacchetto chiamato "filer", potresti usare filer.mainDir e filer.subDir).

Il seguente codice verrebbe utilizzato per impostare le opzioni disponibili per l'uso in seguito in altri script (evitando così l'uso di setwd () in uno script) e per creare la cartella se necessario:

mainDir = "c:/path/to/main/dir"
subDir = "outputDirectory"

options(someUniqueTag.mainDir = mainDir)
options(someUniqueTag.subDir = "subDir")

if (!file_test("-d", file.path(mainDir, subDir)){
  if(file_test("-f", file.path(mainDir, subDir)) {
    stop("Path can't be created because a file with that name already exists.")
  } else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
  }
}

Quindi, in qualsiasi script successivo che necessitava di manipolare un file in subDir, potresti usare qualcosa come:

mainDir = getOption(someUniqueTag.mainDir)
subDir = getOption(someUniqueTag.subDir)
filename = "fileToBeCreated.txt"
file.create(file.path(mainDir, subDir, filename))

Questa soluzione lascia la directory di lavoro sotto il controllo dell'utente.

Ho avuto un problema con R 2.15.3 per cui durante il tentativo di creare una struttura ad albero in modo ricorsivo su un'unità di rete condivisa avrei ricevuto un errore di autorizzazione.

Per aggirare questa stranezza creo manualmente la struttura;

mkdirs <- function(fp) {
    if(!file.exists(fp)) {
        mkdirs(dirname(fp))
        dir.create(fp)
    }
} 

mkdirs("H:/foo/bar")

One-liner:

if (!dir.exists(output_dir)) {dir.create(output_dir)}

Esempio:

dateDIR <- as.character(Sys.Date())
outputDIR <- file.path(outD, dateDIR)
if (!dir.exists(outputDIR)) {dir.create(outputDIR)}

Per scoprire se un percorso è una directory valida prova:

file.info(cacheDir)[1,"isdir"]

file.info non importa di una barra alla fine.

file.existssu Windows non riuscirà per una directory se termina in una barra e ha esito positivo senza di essa. Quindi questo non può essere usato per determinare se un percorso è una directory.

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache/")
[1] FALSE

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache")
[1] TRUE

file.info(cacheDir)["isdir"]