Come faccio a sapere se una tabella mysql sta usando myISAM o InnoDB Engine?

In MySQL, non è possibile specificare un motore di archiviazione per un determinato database, solo per singole tabelle. Tuttavia, è possibile specificare un motore di archiviazione da utilizzare durante una sessione con:

SET storage_engine=InnoDB;

Quindi non è necessario specificarlo per ogni tabella.

Come confermo, se effettivamente tutte le tabelle stanno usando InnoDB?

Se utilizzi SHOW CREATE TABLE, devi analizzare il motore dalla query.

Selezionare dal database INFORMATION_SCHEMA è una cattiva pratica, poiché gli sviluppatori si riservano il diritto di modificare il suo schema in qualsiasi momento (anche se è improbabile).

La query corretta da utilizzare è SHOW TABLE STATUS - puoi ottenere informazioni su tutte le tabelle in un database:

SHOW TABLE STATUS FROM `database`;

O per una tabella specifica:

SHOW TABLE STATUS FROM `database` LIKE 'tablename';

Una delle colonne che riceverai è Engine.

SELECT * FROM INFORMATION_SCHEMA.TABLES
WHERE TABLE_SCHEMA = 'db name' AND ENGINE != 'InnoDB'

show create table <table> dovrebbe fare il trucco.