Come accennato in Alain Beauvois s' risposta , e ora (Q4 2013) meglio spiegato nel
Copia l'URL da GitHub e seleziona in Eclipse dal menu il file
File → Import → Git → Projects from Git

Se il repository Git non è ancora clonato:
Per> eseguire il checkout di un progetto remoto, dovrai prima clonare il suo repository.
Aprire la procedura guidata di importazione di Eclipse (ad esempio File => Import), selezionare Git => Projectsda Git e fare clic Next.
Selezionare " URI" e fare clic Next.
Ora dovrai inserire la posizione del repository e i dati di connessione. L'immissione dell'URI riempirà automaticamente alcuni campi. Completa tutti gli altri campi richiesti e premi Next. Se utilizzi GitHub, puoi copiare l'URI dalla pagina web.
Seleziona tutti i rami che desideri clonare e premi di nuovo Avanti.
Premi il pulsante Clona ... per aprire un'altra procedura guidata per la clonazione dei repository Git.

Risposta originale (luglio 2011)
Innanzitutto, se la tua "Directory di lavoro" è C:\Users, è strano, poiché significherebbe che hai clonato il repository GitHub direttamente in C: \ Users (cioè hai una .gitdirectory in C:\Users)
Di solito, cloneresti un repository GitHub in " any directory of your choice\theGitHubRepoName".
Come descritto nella pagina del manuale utente di EGit :
In ogni caso (a meno che tu non crei un Repository "nudo", ma questo non è discusso qui), il nuovo Repository è essenzialmente una cartella sul disco rigido locale che contiene la "directory di lavoro" e la cartella dei metadati.
La cartella dei metadati è una cartella secondaria dedicata denominata " .git" e spesso denominata " .git-folder". Contiene il repository effettivo (ovvero i commit, i riferimenti, i log e così via).
La cartella dei metadati è totalmente trasparente al client Git, mentre la directory di lavoro viene utilizzata per esporre il contenuto del repository attualmente estratto come file per strumenti ed editor.
In genere, se questi file devono essere utilizzati in Eclipse, devono essere importati nell'area di lavoro di Eclipse in un modo o nell'altro. Per fare ciò, il modo più semplice sarebbe quello di archiviare i file .project da cui la procedura guidata "Importa progetti esistenti" può creare facilmente i progetti. Pertanto, nella maggior parte dei casi, la struttura di un repository contenente progetti Eclipse sarebbe simile a qualcosa del genere:
Vedi anche la sezione Uso di EGit con Github .
La mia directory di lavoro è adesso c:\users\projectname\.git
Dovresti controllare il contenuto di quel repository c:\users\projectname(in altre parole, dovresti avere più del semplice .git).
Allora provo ad importare il progetto usando l'opzione "import" di eclipse.
Quando provo a importare selezionando l'opzione "Usa la procedura guidata per i nuovi progetti", il codice sorgente non viene importato.
È normale.
Se importa selezionando l'opzione "Importa come progetto generale" il codice sorgente viene importato ma il progetto creato da Eclipse non è un progetto java.
Di nuovo normale.
Quando si seleziona l'opzione "Usa la procedura guidata per i nuovi progetti" e si crea un nuovo progetto Java utilizzando la procedura guidata, il codice non dovrebbe essere importato automaticamente?
No, questo creerebbe solo un progetto vuoto.
Se il progetto viene creato in c:\users\projectname, puoi quindi dichiarare la directory di origine esistente in quel progetto.
Poiché è definito nella stessa directory di lavoro del repository Git, quel progetto dovrebbe quindi apparire come "versioned".
Puoi anche utilizzare l'opzione "Importa progetto esistente", se il tuo repository GitHub aveva la versione del file .projecte .classpath, ma potrebbe non essere il caso qui.