Errore: impossibile trovare la funzione ... in R

Questa dovrebbe essere una domanda frequente, quindi si prega di essere il più completo possibile. La risposta è una risposta della comunità, quindi sentiti libero di modificare se pensi che manchi qualcosa.

Questa domanda è stata discussa e approvata su meta.

Sto usando R e some.functionho provato ma ho ricevuto il seguente messaggio di errore:

Error: could not find function "some.function"

Questa domanda viene posta molto regolarmente. Quando ricevi questo tipo di errore in R, come puoi risolverlo?

Ci sono alcune cose che dovresti controllare:

1. Hai scritto correttamente il nome della tua funzione? I nomi fanno distinzione tra maiuscole e minuscole.
2. Hai installato il pacchetto che contiene la funzione? install.packages("thePackage")(questo deve essere fatto solo una volta)
3. Hai allegato quel pacchetto allo spazio di lavoro? require(thePackage)o library(thePackage)(questo dovrebbe essere fatto ogni volta che inizi una nuova sessione R)
4. Stai utilizzando una versione R precedente in cui questa funzione non esisteva ancora?

Se non sei sicuro di quale pacchetto si trova quella funzione, puoi fare alcune cose.

1. Se sei sicuro di aver installato e allegato / caricato il pacchetto giusto, digita help.search("some.function")o ??some.functionper ottenere una finestra informativa che ti dirà in quale pacchetto è contenuto.
2. finde getAnywherepuò anche essere usato per localizzare le funzioni.
3. Se non si ha idea del pacchetto, è possibile utilizzare findFnnel sospacchetto come spiegato in questa risposta .
4. RSiteSearch("some.function")o la ricerca con rdocumentation o rseek sono modi alternativi per trovare la funzione.

A volte è necessario utilizzare una versione precedente di R, ma eseguire il codice creato per una versione più recente. Le funzioni appena aggiunte (ad es. HasName in R 3.4.0) non saranno trovate allora. Se si utilizza una versione R precedente e si desidera utilizzare una funzione più recente, è possibile utilizzare i backport del pacchetto per rendere disponibili tali funzioni. È inoltre disponibile un elenco di funzioni che è necessario eseguire il backport nel repository git dei backport . Tieni presente che le versioni R precedenti a R3.0.0 sono incompatibili con i pacchetti creati per R3.0.0 e versioni successive.

Un altro problema, in presenza di NAMESPACE, è che si sta tentando di eseguire una funzione non esportata dal pacchetto pippo .

Ad esempio (inventato, lo so, ma):

> mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
> plot.prcomp(mod)
Error: could not find function "plot.prcomp"

In primo luogo, non dovresti chiamare direttamente i metodi S3, ma supponiamo che in plot.prcomprealtà fosse una utile funzione interna nel pacchetto pippo . Per chiamare tale funzione se sai cosa stai facendo richiede l'uso di :::. È inoltre necessario conoscere lo spazio dei nomi in cui si trova la funzione. Usando getAnywhere()troviamo che la funzione è nelle statistiche del pacchetto :

> getAnywhere(plot.prcomp)
A single object matching ‘plot.prcomp’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x, main = deparse(substitute(x)), ...) 
screeplot.default(x, main = main, ...)
<environment: namespace:stats>

Quindi ora possiamo chiamarlo direttamente usando:

> stats:::plot.prcomp(mod)

Ho usato plot.prcompsolo come esempio per illustrare lo scopo. Nell'uso normale non dovresti chiamare metodi S3 come questo. Ma come ho detto, se esiste la funzione che si desidera chiamare (ad esempio potrebbe essere una funzione di utilità nascosta), ma è in a namespace, R segnalerà che non è possibile trovare la funzione a meno che non si indichi in quale spazio dei nomi cercare .

Confrontalo con il seguente: stats::plot.prcomp Quanto sopra fallisce perché, mentre statsutilizza plot.prcomp, non viene esportato statscome l'errore ci dice giustamente:

Errore: "plot.prcomp" non è un oggetto esportato da "namespace: stats"

Questo è documentato come segue:

pkg :: name restituisce il valore del nome della variabile esportata nello spazio dei nomi pkg, mentre pkg ::: name restituisce il valore del nome della variabile interna.

Di solito posso risolvere questo problema quando un computer è sotto il mio controllo, ma è più fastidioso quando si lavora con una griglia. Quando una griglia non è omogenea, non tutte le librerie possono essere installate e la mia esperienza è stata che un pacchetto non è stato installato perché non è stata installata una dipendenza. Per risolvere questo problema, controllo quanto segue:

1. Fortran è installato? (Cerca 'gfortran'.) Questo riguarda diversi pacchetti importanti in R.
2. Java è installato? I percorsi di classe Java sono corretti?
3. Verificare che il pacchetto sia stato installato dall'amministratore e disponibile per l'uso da parte dell'utente appropriato. A volte gli utenti installeranno i pacchetti nei posti sbagliati o eseguiranno senza un accesso appropriato alle librerie giuste. .libPaths()è un buon controllo.
4. Controlla i lddrisultati per R, per essere sicuro delle librerie condivise
5. È utile eseguire periodicamente uno script che carica solo tutti i pacchetti necessari e fa alcuni piccoli test. Questo risolve il problema del pacchetto il più presto possibile nel flusso di lavoro. È simile a costruire test o test unitari, tranne per il fatto che è più simile a un test del fumo per assicurarsi che le cose di base funzionino.
6. Se i pacchetti possono essere archiviati in una posizione accessibile dalla rete, lo sono? In caso contrario, esiste un modo per garantire versioni coerenti tra le macchine? (Questo può sembrare OT, ma l'installazione corretta del pacchetto include la disponibilità della versione corretta .)
7. Il pacchetto è disponibile per il sistema operativo specificato? Sfortunatamente, non tutti i pacchetti sono disponibili su tutte le piattaforme. Torna al passaggio 5. Se possibile, prova a trovare un modo per gestire un sistema operativo diverso passando a un sapore appropriato di un pacchetto o disattiva la dipendenza in alcuni casi.

Avendo riscontrato questo un bel po ', alcuni di questi passaggi diventano abbastanza ordinari. Sebbene # 7 possa sembrare un buon punto di partenza, questi sono elencati in ordine approssimativo della frequenza che li uso.

Se ciò si verifica mentre controlli il tuo pacchetto (controllo R CMD), dai un'occhiata a NAMESPACE.

È possibile risolvere questo problema aggiungendo la seguente istruzione a NAMESPACE:

exportPattern("^[^\\\\.]")

Questo esporta tutto ciò che non inizia con un punto ("."). Ciò ti consente di avere le tue funzioni nascoste, iniziando con un punto:

.myHiddenFunction <- function(x) cat("my hidden function")

Ho avuto l'errore

Errore: impossibile trovare la funzione some.function

accade quando si esegue il controllo R CMD di un pacchetto che stavo realizzando con RStudio. Ho trovato l'aggiunta

exportPattern ( "")

al file NAMESPACE ha fatto il trucco. Come sidenote, inizialmente avevo configurato RStudio per utilizzare ROxygen per creare la documentazione e avevo selezionato la configurazione in cui ROxygen avrebbe scritto il mio file NAMESPACE per me, che continuava a cancellare le mie modifiche. Quindi, nel mio caso, ho deselezionato NAMESPACE dalla configurazione di Roxygen e ho aggiunto exportPattern (".") A NAMESPACE per risolvere questo errore.

Questo errore può verificarsi anche se il nome della funzione è valido se mancano alcuni argomenti obbligatori (ovvero non hai fornito argomenti sufficienti).
Ho ottenuto questo in un contesto Rcpp, dove ho scritto una funzione C ++ con argomenti opzionali e non ho fornito quegli argomenti in R. Sembrava che gli argomenti opzionali dal C ++ fossero visti come obbligatori da R. Di conseguenza, R non riuscì a trovare una funzione corrispondente per il nome corretto ma un numero errato di argomenti.

Funzione Rcpp: SEXP RcppFunction(arg1, arg2=0) {}
R Chiamate:
RcppFunction(0)genera l'errore
RcppFunction(0, 0)no

Rdocumentation.org ha una funzione di ricerca molto utile che - tra le altre cose - ti consente di trovare funzioni - da tutti i pacchetti su CRAN, nonché dai pacchetti di Bioconductor e GitHub.

Se si sta utilizzando, parallelMapè necessario esportare funzioni personalizzate nei lavori slave, altrimenti si ottiene un errore "Impossibile trovare la funzione".

Se si imposta un livello non mancante sullo parallelStartstesso argomento deve essere passato parallelExport, altrimenti si ottiene lo stesso errore. Quindi questo dovrebbe essere rigorosamente seguito:

parallelStart(mode = "<your mode here>", N, level = "<task.level>")
parallelExport("<myfun>", level = "<task.level>")

Potresti essere in grado di correggere questo errore in base allo spazio dei nomi :: la chiamata di funzione

comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

per

wordcloud::comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

Ho avuto lo stesso errore, stavo eseguendo la versione .99xxx, ho controllato gli aggiornamenti dal menu di aiuto e ho aggiornato My RStudio a 1.0x, quindi l'errore non è arrivato

Soluzione così semplice, basta aggiornare R Studio