Inizialmente ho dovuto affrontare gli stessi problemi. Dopo aver seguito il libro Wrox Professional ASP.NET 4.0, ho trovato la seguente soluzione per il mio caso.
Per prima cosa ho creato una nuova applicazione web. Copiato tutti i file del sito Web nella cartella dell'applicazione Web. Fare clic con il tasto destro sull'applicazione e fare clic su Conver to web application.
Potresti chiedere perché è necessario convertire un'app Web in un'app Web. La risposta è che quando crei un sito web, codifichi semplicemente il file .cs dove richiesto. Un'applicazione web, tuttavia, dichiara automaticamente .design.cs (o .vb) e un file .cs per la sezione codice e design.
SUCCESSIVO: Rimuovi tutti i riferimenti manuali, come l'attributo "Inherits" nella direttiva PAGE, ad altri file nel tuo sito Web, poiché gli spazi dei nomi si occuperanno di fare riferimento alle classi centralmente.
Ho anche riscontrato un problema, poiché non avevo incluso la cartella OBJ e BIN nel mio progetto. Se pensi che ti manchino le cartelle BIN e OBJ, fai semplicemente clic sull'icona "Mostra tutti i file" in Esplora soluzioni, quindi fai clic con il pulsante destro del mouse sulle cartelle mancanti e aggiungi al progetto. (per assicurarsi che si compilino con il progetto.)
AGGIORNAMENTO:
Come sottolinea @deadlychambers nei commenti: puoi cercare ovunque facendo "Ctrl + Maiusc + F" e quindi cercare Inherits="(.*?)". Questo troverà tutte le occorrenze e probabilmente ti farà risparmiare tempo!