Credo che questo qui http://flask.pocoo.org/docs/deploying/uwsgi/ sia una buona risposta per chiarire la confusione. La domanda non è sciocca, succede a chiunque veda i due termini e non ha informazioni precedenti su come funzionano le cose al di fuori del mondo mod_PHP (per esempio niente contro php o gente)
Il sito fa bene a spiegare in termini pratici cosa è necessario e qual è la differenza, nonché un buon esempio di distribuzione per nginx.
Per comodità, la spiegazione dal wiki di Flask è citata qui:
uWSGI è un'opzione di distribuzione su server come nginx, lighttpd e cherokee; vedere FastCGI e contenitori WSGI autonomi per altre opzioni. Per usare la tua applicazione WSGI con il protocollo uWSGI avrai prima bisogno di un server uWSGI. uWSGI è sia un protocollo che un server delle applicazioni; il server delle applicazioni può servire i protocolli uWSGI, FastCGI e HTTP.
Il server uWSGI più popolare è uwsgi, che useremo per questa guida. Assicurati di averlo installato per seguirlo.