Risposte:
Il seguente script verrà eseguito il 1 gennaio, aprile, luglio e ottobre alle 03:30
30 03 01 Jan,Apr,Jul,Oct * /path/to/script
In alternativa, ma meno ovvio
30 03 01 */3 * /path/to/script
Si svolgerà ogni tre mesi alle 03:30 il 1 gennaio, aprile, luglio e ottobre.
*/3
sarebbe ogni quattro mesi (12/3 = 4)?
Wikipedia ha una bella spiegazione su come configurare Cron.
Per il tuo caso specifico potresti eseguire un'espressione Cron da eseguire ogni 3 mesi, ovviamente cambiando i mesi per adattarli al tuo programma.
0 0 1 JAN,APR,JUL,OCT * /path/to/script.bash