Risposte:
Il mio suggerimento sarebbe pkg_cutleaves(disponibile nella raccolta delle porte), oppure pkg-orphan- Entrambi fanno la stessa cosa di base (elenca i pacchetti che non sono indicati come dipendenza da nessun altro pacchetto e ti chiedono cosa fare).
Non mi preoccuperei però: le dipendenze di build dovranno solo essere ricostruite e reinstallate quando si aggiorna la porta e in genere non occupano enormi quantità di spazio. Lasciarli non ti farà male a meno che il tuo sistema non sia fortemente limitato dallo spazio su disco.