Accesso al filesystem lento

Sto provando a diagnosticare un problema lento del filesystem su un server di cui mi occupo. È in corso da un po 'di tempo e ho esaurito le idee su cosa posso provare. Ecco il grosso.

Il server stesso è un Dell Poweredge T310. Contiene 4 dischi rigidi SAS, configurati su RAID5 ed esegue Citrix XenServer 5.6. La VM è un'installazione (relativamente) vecchia di Debian 5.0.6. Ha 4 core e 4 GB di RAM. Ha 3 volumi. Un volume da 10 Gb (ext3) per il sistema, un volume da 980 Gb (xfs) per i dati (~ 94% pieno) e un altro volume da 200 Gb (xfs) per i dati (~ 13% pieno).

Ora ecco la cosa strana. L'accesso in lettura / scrittura al volume 980Gb è molto lento. Potrei ottenere 5 Mb / s da esso se sono fortunato. All'inizio ho pensato che fosse effettivamente l'accesso al disco nel sistema, o a livello di hypervisor, ma ho escluso che altre macchine virtuali sullo stesso host funzionassero perfettamente (un buon accesso al disco con un paio di centinaia di Mb / s). Quindi ho iniziato a scegliere questa VM specifica. Ho iniziato a pensare che fosse XFS, ma per dimostrarlo non avrei tentato di cambiare il filesystem sull'unità 980Gb, con anni e anni di miliardi di file lì. Quindi ho eseguito il provisioning dell'unità da 200 Gb e ho eseguito lo stesso test di lettura / scrittura (sostanzialmente dd) e ho ottenuto un buon accesso a un paio di centinaia di Mb / sr / w. Ciò ha escluso la VM, l'hardware e il tipo di filesystem.

Ce ne sono anche molti in /var/log/kern.log; (scusa, è abbastanza lungo)

Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564689] httpd: page allocation failure. order:5, mode:0x4020
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564693] Pid: 7318, comm: httpd Not tainted 2.6.32-4-686-bigmem #1
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564696] Call Trace:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564705]  [<c1092a4d>] ? __alloc_pages_nodemask+0x476/0x4e0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564711]  [<c1092ac3>] ? __get_free_pages+0xc/0x17
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564716]  [<c10b632e>] ? __kmalloc+0x30/0x128
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564722]  [<c11dd774>] ? pskb_expand_head+0x4f/0x157
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564727]  [<c11ddbbf>] ? __pskb_pull_tail+0x41/0x1fb
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564732]  [<c11e4882>] ? dev_queue_xmit+0xe4/0x38e
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564738]  [<c1205902>] ? ip_finish_output+0x0/0x5c
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564742]  [<c12058c7>] ? ip_finish_output2+0x187/0x1c2
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564747]  [<c1204dc8>] ? ip_local_out+0x15/0x17
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564751]  [<c12055a9>] ? ip_queue_xmit+0x31e/0x379
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564758]  [<c1279a90>] ? _spin_lock_bh+0x8/0x1e
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564767]  [<eda15a8d>] ? __nf_ct_refresh_acct+0x66/0xa4 [nf_conntrack]
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564773]  [<c103bf42>] ? _local_bh_enable_ip+0x16/0x6e
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564779]  [<c1214593>] ? tcp_transmit_skb+0x595/0x5cc
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564785]  [<c1005c4f>] ? xen_restore_fl_direct_end+0x0/0x1
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564791]  [<c12165ea>] ? tcp_write_xmit+0x7a3/0x874
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564796]  [<c121203a>] ? tcp_ack+0x1611/0x1802
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564801]  [<c10055ec>] ? xen_force_evtchn_callback+0xc/0x10
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564806]  [<c121392f>] ? tcp_established_options+0x1d/0x8b
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564811]  [<c1213be4>] ? tcp_current_mss+0x38/0x53
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564816]  [<c1216701>] ? __tcp_push_pending_frames+0x1e/0x50
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564821]  [<c1212246>] ? tcp_data_snd_check+0x1b/0xd2
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564825]  [<c1212de3>] ? tcp_rcv_established+0x5d0/0x626
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564831]  [<c121902c>] ? tcp_v4_do_rcv+0x15f/0x2cf
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564835]  [<c1219561>] ? tcp_v4_rcv+0x3c5/0x5c0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564841]  [<c120197e>] ? ip_local_deliver_finish+0x10c/0x18c
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564846]  [<c12015a4>] ? ip_rcv_finish+0x2c4/0x2d8
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564852]  [<c11e3b71>] ? netif_receive_skb+0x3bb/0x3d6
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564864]  [<ed823efc>] ? xennet_poll+0x9b8/0xafc [xen_netfront]
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564869]  [<c11e40ee>] ? net_rx_action+0x96/0x194
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564874]  [<c103bd4c>] ? __do_softirq+0xaa/0x151
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564878]  [<c103be24>] ? do_softirq+0x31/0x3c
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564883]  [<c103befa>] ? irq_exit+0x26/0x58
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564890]  [<c118ff9f>] ? xen_evtchn_do_upcall+0x12c/0x13e
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564896]  [<c1008c3f>] ? xen_do_upcall+0x7/0xc
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564899] Mem-Info:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564902] DMA per-cpu:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564905] CPU    0: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564908] CPU    1: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564911] CPU    2: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564914] CPU    3: hi:    0, btch:   1 usd:   0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564916] Normal per-cpu:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564919] CPU    0: hi:  186, btch:  31 usd: 175
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564922] CPU    1: hi:  186, btch:  31 usd: 165
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564925] CPU    2: hi:  186, btch:  31 usd:  30
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564928] CPU    3: hi:  186, btch:  31 usd: 140
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564931] HighMem per-cpu:
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564933] CPU    0: hi:  186, btch:  31 usd: 159
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564936] CPU    1: hi:  186, btch:  31 usd:  22
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564939] CPU    2: hi:  186, btch:  31 usd:  24
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564942] CPU    3: hi:  186, btch:  31 usd:  13
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564947] active_anon:485974 inactive_anon:121138 isolated_anon:0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564948]  active_file:75215 inactive_file:79510 isolated_file:0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564949]  unevictable:0 dirty:516 writeback:15 unstable:0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564950]  free:230770 slab_reclaimable:36661 slab_unreclaimable:21249
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564952]  mapped:20016 shmem:29450 pagetables:5600 bounce:0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564958] DMA free:2884kB min:72kB low:88kB high:108kB active_anon:0kB inactive_anon:0kB active_file:5692kB inactive_file:724kB unevictable:0kB isolated(anon):0kB isolated(file):0kB present:15872kB mlocked:0kB dirty:8kB writeback:0kB mapped:0kB shmem:0kB slab_reclaimable:5112kB slab_unreclaimable:156kB kernel_stack:56kB pagetables:0kB unstable:0kB bounce:0kB writeback_tmp:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? no
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564964] lowmem_reserve[]: 0 698 4143 4143
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564977] Normal free:143468kB min:3344kB low:4180kB high:5016kB active_anon:56kB inactive_anon:2068kB active_file:131812kB inactive_file:131728kB unevictable:0kB isolated(anon):0kB isolated(file):0kB present:715256kB mlocked:0kB dirty:156kB writeback:0kB mapped:308kB shmem:4kB slab_reclaimable:141532kB slab_unreclaimable:84840kB kernel_stack:1928kB pagetables:22400kB unstable:0kB bounce:0kB writeback_tmp:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? no
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564983] lowmem_reserve[]: 0 0 27559 27559
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.564995] HighMem free:776728kB min:512kB low:4636kB high:8760kB active_anon:1943840kB inactive_anon:482484kB active_file:163356kB inactive_file:185588kB unevictable:0kB isolated(anon):0kB isolated(file):0kB present:3527556kB mlocked:0kB dirty:1900kB writeback:60kB mapped:79756kB shmem:117796kB slab_reclaimable:0kB slab_unreclaimable:0kB kernel_stack:0kB pagetables:0kB unstable:0kB bounce:0kB writeback_tmp:0kB pages_scanned:0 all_unreclaimable? no
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565001] lowmem_reserve[]: 0 0 0 0
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565011] DMA: 385*4kB 16*8kB 3*16kB 9*32kB 6*64kB 2*128kB 1*256kB 0*512kB 0*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 2900kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565032] Normal: 21505*4kB 6508*8kB 273*16kB 24*32kB 3*64kB 0*128kB 0*256kB 0*512kB 0*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 143412kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565054] HighMem: 949*4kB 8859*8kB 7063*16kB 6186*32kB 4631*64kB 727*128kB 6*256kB 0*512kB 0*1024kB 0*2048kB 0*4096kB = 776604kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565076] 198980 total pagecache pages
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565079] 14850 pages in swap cache
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565082] Swap cache stats: add 2556273, delete 2541423, find 82961339/83153719
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565085] Free swap  = 250592kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.565087] Total swap = 385520kB
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575454] 1073152 pages RAM
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575458] 888834 pages HighMem
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575461] 11344 pages reserved
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575463] 1090481 pages shared
Sep  4 10:16:59 uriel kernel: [32571790.575465] 737188 pages non-shared

Ora, non ho idea di cosa significhi. C'è molta memoria libera;

             total       used       free     shared    buffers     cached
Mem:       4247232    3455904     791328          0       5348     736412
-/+ buffers/cache:    2714144    1533088
Swap:       385520     131004     254516

Anche se ora vedo che lo swap è di dimensioni relativamente basse, ma avrebbe importanza?

Ho iniziato a pensare alla frammentazione o all'utilizzo dell'inode su quella grande partizione, ma un recente fsck su di esso ha mostrato che è frammentato solo allo 0,5%. Ciò mi lascia con l'uso dell'inode, ma quanto di un effetto avrebbe davvero una tabella di inode di grandi dimensioni o un sommario di filesystem?

Mi piace ascoltare le opinioni della gente su questo. Mi sta facendo diventare banale!

df -h output;

Filesystem            Size  Used Avail Use% Mounted on
/dev/xvda1            9.5G  6.6G  2.4G  74% /
tmpfs                 2.1G     0  2.1G   0% /lib/init/rw
udev                   10M  520K  9.5M   6% /dev
tmpfs                 2.1G     0  2.1G   0% /dev/shm
/dev/xvdb             980G  921G   59G  94% /data

output xfs_db;

# xfs_db -r -c frag /dev/xvdb
actual 15687263, ideal 15385050, fragmentation factor 1.93%

In questo caso potrebbe essere comunque il filesystem XFS. Potresti avere gravi problemi di frammentazione e il rallentamento di un filesystem quasi completo. Potresti beneficiare di più spazio in entrambi i casi.

Controlla la frammentazione del filesystem XFS. Puoi farlo con il xfs_dbcomando. Se il filesystem è /dev/sdb1, ad esempio, allora il comando sarà simile a:

xfs_db -r -c frag /dev/sdb1

Ciò produrrà un fattore di frammentazione:

actual 66524, ideal 55966, fragmentation factor 15.87%

È possibile eseguire l'utilità di deframmentazione online xfs_fsr -vin una screensessione per provare a correggere questo. Per impostazione predefinita, il comando viene eseguito per 2 ore o TEN passa sul file system. Potrebbe essere necessario eseguirlo più volte. Controllare il fattore di frammentazione tra le esecuzioni.

I filesystem Unix non amano essere pieni. Prova a far crescere il filesystem lento. Se ciò non è possibile, prova a deframmentarlo usando xfs_fsr

Ci sono due strumenti che puoi usare per vedere cosa sta succedendo sul tuo server. iostat e iotop ti aiuteranno a localizzare il problema.

Se si desidera riassegnare due priorità che il diverso processo ha sul proprio server in relazione all'IO , è possibile utilizzare ionice . Questo potrebbe essere sufficiente per risolvere i tuoi problemi, ma è probabilmente una soluzione temporanea. Potresti voler esaminare diversi tipi di archiviazione o allocazione delle risorse per il tuo server.

iostat
Iostat può essere utilizzato per identificare quali dispositivi di archiviazione / memoria stanno rallentando il server. Ha alcune belle statistiche iowait. Una volta che sai quale dispositivo sta rallentando le cose, potresti avere un'idea molto migliore su dove focalizzare la tua attenzione.

$ iostat
Linux 3.2.0-30-generico (aaron-laptop) 11/09/2012 _x86_64_ (4 CPU)

avg-cpu:% user% nice% system% iowait% steal% idle
           5,83 0,07 3,00 1,81 0,00 89,29

Dispositivo: tps kB_read / s kB_wrtn / s kB_read kB_wrtn
SDA 20,64 231,97 76,26 1290702 424315

iotop
È ottimo per identificare quale processo attende più a lungo il completamento dell'IO, oppure è il più intenso.

LETTORE DISCO totale: 0,00 B / s | SCRITTURA DISCO totale: 9,89 K / s
  TID PRIO DISCO UTENTE LEGGI DISCO SCRIVI SWAPIN IO> COMANDO          
  349 be / 3 radice 0,00 B / s 1012,49 B / s 0,00% 1,79% [jbd2 / sda3-8]
    1 be / 4 root 0.00 B / s 0.00 B / s 0.00% 0.00% init
    2 be / 4 radice 0,00 B / s 0,00 B / s 0,00% 0,00% [kthreadd]
    3 be / 4 root 0.00 B / s 0.00 B / s 0.00% 0.00% [ksoftirqd / 0]

ionice

 ionice: aiuto

ionice - imposta o ottiene la classe e la priorità di programmazione del processo.

Uso:
  ionice [OPZIONE] -p PID [PID ...]
  COMANDO [OPZIONE] ionice

Opzioni:
  -c, --class nome o numero della classe di pianificazione
                           0: nessuna, 1: in tempo reale, 2: best-effort, 3: inattivo
  -n, --classdata scheduling data class
                           0-7 per le classi in tempo reale e migliori
  -p, --pid = visualizzazione PID o modifica del processo già in esecuzione
  -t, --ignore ignora i fallimenti
  -V, --version informazioni sulla versione di output ed esce
  -h, --help visualizza questo aiuto ed esce