Non sono sicuro del tipo di soluzione che ti aspetti. Probabilmente conosci cron job, ma non aggiornerei i sistemi alla cieca in quanto sono necessari interventi umani (ed è per questo che ti pagano per fare questo, giusto?)
Se avessi sistemi completamente identici, potresti prendere in considerazione l'utilizzo di qualcosa come rsync per introdurre le differenze, ma capire quali file non rsync potrebbe essere difficile e non lo farei mentre i servizi sono in esecuzione. Almeno gli script di aggiornamento sono impostati per gestire il riavvio dei servizi e l'unione delle differenze nei file di configurazione.
Forse se spieghi qual è il problema con l'esecuzione dei comandi apt-get, potremmo vedere cosa vuoi evitare.
Se il problema è la larghezza di banda e il tempo per il download, forse dovresti impostare una casella per agire come repository Debian locale. Ci sono guide Debian su come farlo.
Ecco alcuni suggerimenti su come ridurre al minimo il numero di cose che è necessario aggiornare.
Quando installi Debian, non installare Desktop a meno che tu non abbia davvero bisogno di usare X su quella console. La maggior parte dei server non necessita dell'installazione di X. Ciò può ridurre in modo significativo il numero di pacchetti sul sistema e quindi non è necessario aggiornare tanti pacchetti.
Verifica che il sources.list includa solo i repository di cui hai veramente bisogno. Se avessi sperimentato alcuni repository e te ne fossi dimenticato, potresti apportare aggiornamenti che non ti servono o che non desideri.
In caso di problemi con l'esecuzione cieca di aggiornamenti su un server di produzione, fare attenzione a consultare le guide di aggiornamento di Debian in caso di aggiornamenti importanti (da 4.0 a 5.0). Questi andranno molto bene se segui le istruzioni per l'aggiornamento. Non è facile come eseguire apt-get dist-upgrade e andarsene. A volte nelle istruzioni ci sono anche indicazioni su quando eseguire aptitude anziché apt-get - ci sono piccole differenze in essi.