Questo è un argomento complicato ma ecco il mio tentativo di distillare cosa sono tutte queste cose e come si relazionano.
AJAX: questo è un concetto che prevede il pull asincrono dei dati in un'applicazione web senza ricaricare l'intera pagina. Consente interfacce utente dinamiche come Google Mail che funzionano come applicazioni desktop ma vengono eseguite in un browser.
ASP.NET AJAX: si tratta di una libreria creata da Microsoft che tenta di rendere il concetto AJAX accessibile agli sviluppatori con un background ASP.NET. Fornisce metodi simili ai metodi .NET Framework come String.Format e altri. Ha qualche sovrapposizione con JQuery ma possono entrambi essere usati in armonia insieme poiché hanno diversi punti di forza e di debolezza. È importante ricordare che si tratta di una libreria sul lato client e in realtà non ha una dipendenza da ASP.NET. È possibile utilizzare ASP.NET AJAX con qualsiasi tecnologia lato server.
jQuery: questa è una libreria JavaScript che fornisce un framework per facilitare la scrittura delle applicazioni AJAX. Fornisce un potente modello di selezione che utilizza una sintassi simile a CSS per interagire con il DOM del browser. Inoltre, elimina molte delle differenze tra i diversi browser e versioni. Quindi stai quasi sempre meglio codificando jQuery rispetto alle API DOM o AJAX specifiche del browser. Esiste una ricca ecologia di plug-in jQuery che può aggiungere ogni tipo di comportamento potente alle tue applicazioni web, senza molto lavoro da parte tua.
JavaScript: questo è un linguaggio interpretato implementato da tutti i principali browser che consente un comportamento dinamico sul lato client nei siti Web. Il linguaggio stesso è piuttosto solido, ma le diverse API fornite dai diversi browser rendono complicato scrivere in modo efficace JavaScript "grezzo". Ecco perché ci sono tutte queste librerie sopra di esso.
Ora, per quanto riguarda la domanda su cosa dovresti imparare come sviluppatore ASP.NET. Consiglierei di familiarizzare con le funzionalità di ASP.NET AJAX e jQuery. Microsoft sostiene entrambi, ed entrambi sono inclusi in VS 2010. Hanno diversi punti di forza e di debolezza e se capisci quali sono, sarai più efficace nell'usarli.
Non è necessario utilizzare AJAX per creare siti Web ASP.NET, ma i tuoi siti Web saranno più potenti e più user-friendly se lo fai. E se sviluppi un senso per quando AJAX è efficace e quando non lo è, sarai uno sviluppatore web migliore.
Oh, e stai lontano da UpdatePanels. Questa è stata la prima risposta di MS ad AJAX, ma sono generalmente cattivi e vanno contro molti dei concetti che rendono AJAX buono. Ti danno un vantaggio a breve termine, ma a lungo termine sono un incubo di manutenibilità nella mia esperienza.