Esiste un pacchetto R (o anche una funzione R di base) che implementa il metodo di Fisher o Stouffer per combinare i valori p? La codifica dovrebbe essere quasi banale, ma preferirei usare (e citare) un pacchetto.
Codice di esempio in questa domanda: il metodo di Fisher per la combinazione di valori p: che dire della coda inferiore?
Risposte:
Il metappacchetto di Michael Dewey implementa molti metodi per combinare i valori p:
sumlog: Metodo di Fishersumz: Sembra il metodo di Stouffer (con i pesi), questo non è menzionato esplicitamente nella documentazione della funzione ma confermato nella bozza della vignetta (che non fa ancora parte del pacchetto)meanp: Quando si combinano i valori p, perché non limitarsi a fare la media?C'è anche la combine.testfunzione nel survcomppacchetto (su Bioconduttore). Implementa il metodo di Fisher e Stouffer, nonché il metodo logit.
survcompfunziona anche nel caso limite di un singolo valore, gestisce i valori mancanti in modo più coerente con la base r e incoraggia i contributi fornendo un repo ufficiale.