Risposte:
IMO, Protovis è il migliore ed è ben documentato e supportato. È la base per il mio pacchetto R Webvis .
Anche questi sono molto buoni, sebbene abbiano più di una curva di apprendimento:
RaphaelJS è in grado di fare cose piuttosto sorprendenti e ha appena ricevuto un grande sostegno da Sencha (ex ExtJS). Raphael è piuttosto intelligente sui browser usando un backend VML per Internet Explorer e SVG per tutto il resto. Tuttavia, la libreria è piuttosto di basso livello. Fortunatamente, l'autore ha avviato un altro progetto, gRaphael , che si concentra sul disegno di diagrammi e grafici.
Il progetto MIT SIMILE ha anche alcune interessanti librerie JavaScript:
Esiste anche un progetto per il porting dell'elaborazione su JavaScript: ProcessingJS
Jmol è un'applet Java per la visualizzazione di strutture chimiche, ma viene utilizzata come motore di visualizzazione per la grafica 3D nel sistema SAGE , che ha una GUI completamente basata su browser.
E per un'alternativa open source a Google Maps, c'è l'eccellente libreria JavaScript OpenLayers che alimenta il frontend della altrettanto eccellente OpenStreetMap .
Ce ne sono centinaia. Ecco una utile recensione di una ventina di essi: http://bigdata-madesimple.com/review-of-20-best-big-data-visualization-tools/
Consiglierei ChartJS , è semplice, bello e ben supportato.