Mi piacerebbe eseguire un test post-hoc TukeyHSD dopo il mio Anova a due vie con R, ottenendo una tabella contenente le coppie ordinate raggruppate per differenza significativa. (Mi dispiace per il testo, sono ancora nuovo con le statistiche.)
Vorrei avere qualcosa del genere:
Quindi, raggruppati con stelle o lettere.
Qualche idea? Ho testato la funzione HSD.test()dal agricolaepacchetto, ma sembra che non gestisca le tabelle a due vie.
Risposte:
La agricolae::HSD.testfunzione fa esattamente questo, ma dovrai fargli sapere che sei interessato a un termine di interazione . Ecco un esempio con un set di dati Stata:
library(foreign)
yield <- read.dta("http://www.stata-press.com/data/r12/yield.dta")
tx <- with(yield, interaction(fertilizer, irrigation))
amod <- aov(yield ~ tx, data=yield)
library(agricolae)
HSD.test(amod, "tx", group=TRUE)Questo dà i risultati mostrati di seguito:
Groups, Treatments and means
a 2.1 51.17547
ab 4.1 50.7529
abc 3.1 47.36229
bcd 1.1 45.81229
cd 5.1 44.55313
de 4.0 41.81757
ef 2.0 38.79482
ef 1.0 36.91257
f 3.0 36.34383
f 5.0 35.69507 Abbinano ciò che otterremmo con i seguenti comandi:
. webuse yield
. regress yield fertilizer##irrigation
. pwcompare fertilizer#irrigation, group mcompare(tukey)
-------------------------------------------------------
| Tukey
| Margin Std. Err. Groups
----------------------+--------------------------------
fertilizer#irrigation |
1 0 | 36.91257 1.116571 AB
1 1 | 45.81229 1.116571 CDE
2 0 | 38.79482 1.116571 AB
2 1 | 51.17547 1.116571 F
3 0 | 36.34383 1.116571 A
3 1 | 47.36229 1.116571 DEF
4 0 | 41.81757 1.116571 BC
4 1 | 50.7529 1.116571 EF
5 0 | 35.69507 1.116571 A
5 1 | 44.55313 1.116571 CD
-------------------------------------------------------
Note: Margins sharing a letter in the group label are
not significantly different at the 5% level.Il pacchetto multcomp offre anche una visualizzazione simbolica ("display a lettere compatte", vedere Algoritmi per display a lettere compatte: confronto e valutazione per maggiori dettagli) di significativi confronti a coppie, sebbene non li presenti in un formato tabulare. Tuttavia, ha un metodo di stampa che consente di visualizzare comodamente i risultati utilizzando i grafici a scatole. Anche l'ordine di presentazione può essere modificato (opzione decreasing=) e ha molte più opzioni per confronti multipli. Esiste anche il pacchetto multcompView che estende tali funzionalità.
Ecco lo stesso esempio analizzato con glht:
library(multcomp)
tuk <- glht(amod, linfct = mcp(tx = "Tukey"))
summary(tuk) # standard display
tuk.cld <- cld(tuk) # letter-based display
opar <- par(mai=c(1,1,1.5,1))
plot(tuk.cld)
par(opar)Il trattamento che condivide la stessa lettera non è significativamente diverso, al livello scelto (impostazione predefinita, 5%).
Per inciso, c'è un nuovo progetto, attualmente ospitato su R-Forge, che sembra promettente: fattore trama . Include display basati su linee e lettere, nonché una panoramica della matrice (tramite un diagramma di livello) di tutti i confronti a coppie. Un documento di lavoro è disponibile qui: factorplot: migliorare la presentazione di contrasti semplici nei GLM
insert_absorb()quale tenta di estrarre una coppia di trattamenti. Puoi forse provare a cambiare il separatore che hai usato per codificare i livelli del tuo termine di interazione? Senza un esempio funzionante, è difficile dire cosa sia successo.
console=TRUEin HSD.test()al fine di ottenere le tabelle, nel caso in cui qualcuno cerca questo e vede alcun risultato. Probabilmente un aggiornamento di agricolae.
C'è una funzione chiamata TukeyHSDche, secondo il file di aiuto, calcola un insieme di intervalli di confidenza sulle differenze tra le medie dei livelli di un fattore con la probabilità di copertura specifica a livello familiare. Gli intervalli si basano sulla statistica del range Studentized, il metodo della "Differenza significativa onesta" di Tukey. Questo fa quello che vuoi?
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/TukeyHSD.html